1901年至1905年春夏之交，袁世凯在北洋大臣兼直隶总督任上按“西法”编练了六镇新军，即所谓的“北洋六镇”。其中，第一镇以八旗兵为主，第五镇远在山东，除了这两镇与袁世凯比较疏远外，另外四镇均被袁世凯的党羽把持，唯袁之命是从。
朝廷开始对北洋新军去袁化改造
袁世凯作为一个汉人大臣，掌管了这么重要的一支近代化新军，难免会受到朝廷的猜忌。但当时掌握朝廷实权的是慈禧太后，其为人阴鸷而多权谋，对满汉大臣恩威并重，劝不旁落。虽然把帝国最精锐的新军全部交给袁世凯并非慈禧所愿，但其自认可以控制局面，所以迟迟未对袁动手。
1908年11月，慈禧太后去世，宣统帝即位，由其父摄政王载沣监国摄政。袁世凯自知其与载沣素来不和，遂以“足疾”为由辞官，回河南彰德故里“养病”。载沣趁机将北洋新军六镇完全从直隶总督府收归陆军部管辖，并开始着手对北洋新军进行去袁化改造，但直至清朝垮台，这项改造也未见成效。
朝廷高层内斗不止，不能形成合力
载沣执政后，重用宗室少壮派，不但打击袁世凯这样的汉人，也打击满族大臣里的政敌。陆军部尚书铁良是少有的“能吏”，在旗人中素有“知兵”之名，曾经以京旗常备军练兵翼长和练兵处襄办，协助袁世凯办理各项练兵事物，新军第一镇就长期在其掌握中。
慈禧在世时，铁良就任陆军部尚书，立即着手收回北洋军的兵权，与袁世凯展开激烈的较量，最后迫使袁世凯将第一、三、五、六镇全部交与陆军部管理。可就是这样一个与袁世凯斗争多时的重臣，却因为与载沣不和被开除了尚书职务，被贬往南京担任江宁将军，其亲信也被赶出了北京。
朝廷可用之才甚少，还多是革命党
袁世凯为首的北洋系统非常重视军事教育，有自成系统的教育系统，梯次分明，人才也很多，升迁也很快。相比之下，清朝廷能够招揽的近代军事人才稀缺，只能把希望寄托在留日归来的洋学生身上，常常不加考验、不加甄别就给予管带、标统等高级职位。
但这些留日学生在国外或多或少受到新思想的影响，如吴禄贞（第六镇统制）、蓝天蔚（第二混成协统领）、阎锡山等受同盟会革命思想影响较深，也曾有人举报过吴禄贞等人的思想倾向危险，但当时北洋新军去袁化的步骤时不我待，一时也无其他合适之选，只好先将就着。
北洋军中袁世凯羽翼已成，很难撼动
清朝廷的去袁化决心不可谓不大，刚开始就解除了北洋军中拥袁最力的第六镇统制赵国贤的职务，将其赶到广东担任潮州镇总兵。后来继任第六镇统制的段祺瑞又因为对袁世凯撤职颇有微词，再次被载沣以明升暗降的手段，调任苏北提督，被赶到了苏北上任。
虽然连换两位统制，第六镇从上到下依然对袁世凯非常拥护，对再次继任统制的吴禄贞极度仇视，协统、标统以下各级军官均对吴阳奉阴违，后来其干脆被卫队中的马队管带刺杀了。折腾最狠的第六镇尚且如此，其余各镇的统制王士珍、冯国璋等人都原职未动，麾下对袁世凯的忠心更是未变。
1911年武昌起义爆发后，请朝廷惊慌失措，只好再度请袁世凯出山，蓝天蔚等身居高位的留日士官生被一纸命令解除了军权，北洋新军轻而易举的被袁世凯再度完全控制。1912年1月，北洋军将领以段祺瑞领衔实行逼宫，通电支持共和政体，直接导致了清朝廷的垮台。
