在西班牙征服秘鲁的历史中，的的喀喀湖以南高原地区的反叛与联盟上演了一幕极为错综复杂的悲剧。
1537年4月，支持曼科印加愧绳政权的大叛乱给各种艾玛拉集团带来了好处，因此他们开始选择中立的态度。最初，他们曾经支持过西班牙人，那是因为他们曾与在内战中失败的胡阿斯卡集团联盟，但西新牙人却抛弃了该集团的领导人，这导致艾玛拉人重新考虑自己的选择。在反叛的印加人围困库斯科城的时候，很多高原地区都派出了自己的军队帮助叛军，其中鲁巴卡是支持者中最为突出的一个。但是，科罗却固守支持西班牙人的态度，最后导致印加、鲁巴卡联合进攻科罗的局面发生。
在1538年保卫科罗的战斗中，弗兰西斯科·皮萨罗领导的主要远征军来到丘基托和里奥迪萨瓜德罗抵抗印加叛军和鲁巴卡人的进攻。最后的结果不出意外，西班牙人全胜收兵。在平原开阔地的战斗中，叛军被西班牙人大量的骑兵所击败。在这个高原与平原的结合部，皮萨罗决定留下他的弟兄们，让他们在那里把玻利维亚高原与河谷地区全面殖民地化，自己则返回库斯科。从殖民征服开始，西班牙人用了大约6年的时间将的的喀喀湖及其以南的安第斯地区纳入到自己的统治之下。
1532年西班牙人来到并最后征服秘鲁的时候，高原和的的喀喀湖以南的河谷地区并不知晓欧洲人的到来。一个富有农民、牧群、羊毛和传统印第安食品的地区最初既没有军队也没有西班牙人所寻求的金银财宝。艾玛拉各个王国和盖丘亚殖民地的城镇中心都很小，而且比库斯科都落后。在印加内战过程中，这个地区非常忠诚于胡阿斯卡集团，因此，该地区最初把西班牙人的到来看成是对敌斗争的胜利，所以表示欢迎。正因为这种忠诚，该地区没有反西班牙人的奎托职业军队，西班牙人也没有遭到任何攻击。
当然，在1538年之前，西班牙的远征行动还是几次通过该地区。第一次是由迭戈·阿尔马戈领导的军队，这是一个反对皮萨罗并与之竞争的西班牙人。1535年，他在去南方的途中路过该地区，当时同行的还有忠实于胡阿斯卡的印加军队，那支军队由曼科印加的兄弟普拉帕印加领导，后者与艾玛拉各个王国关系非同一般。远征军迅速平安地通过了奥迪萨瓜德罗河边的高原西角，然后向南来到波波潮，跨越安第斯山脉，并南下进入智利。
但是，阿尔马哥及其随从的注意力首先是智利，然后是与皮萨罗家族之间为争夺库斯科而展开的长期残酷的内战。因此，这使皮萨罗在1538年初先于阿尔马哥到达具有决定意义的的的喀喀湖南部的定居区，那里就是西班牙人所说的查尔卡斯地区，或者叫上秘鲁。
1538年的晚些时候，皮萨罗的两个兄弟，赫尔南多和网萨罗，进入南部高原地区并建立了几个重要的定居中心。首要的一个是位于高原南角亚普纳河谷非常适合居住的丘基萨卡即现在的苏克雷，以独立运动著名领导人苏克雷的名字命名；另一个是在波卡的一个小矿区城市，位于丘奎萨卡以东。随着这两个西班牙社区的建立，西班牙人在征服了卡加马卡印加大约5年以后，查尔卡斯地区的定居才活动终于开始了。
