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无论有多么大的痛苦，朱祐樘的家庭恩怨，总算在宽容中了断，但登家的困局，却更加严峻。这时明朝的几大麻烦一是缺钱，财政支出增加，国库储蓄减少。二是效从中央到地方，各级官员全都混日子。国家麻烦如此，百官却还像没事人，大小事情交代下去，中央官员推诿，地方官员扯皮，没几个当回事的。其雷人的就是弘治元年（1488）的“嘉兴盗”事件：一个叫陈辅的百户，因为贩私盐被查，愤然纠集匪帮作乱。就这么一伙土匪，在当地打家劫舍，甚至到后来攻陷城池，劫掠官仓。
嘉兴古镇
地方官起初不管，各种隐瞒，后来隐瞒不下去了，知府竟然翻墙逃窜。如此闹剧，便是此时明朝官场的缩影。对这样的歪风，处理家庭问题宽容无比的朱祐樘，则用起了雷霆手段：整顿整顿的第一个对象，就是内阁。当时内阁号称“纸糊三阁老”，即万安尹直、刘吉三位，都是混日子出名的。尤其这位万安，人称“万岁阁老”。身为百官之首，遇事除了喊“万岁”，基本没半点主张。当年更厚着脸皮，跟万贵妃攀亲戚。至于工作方面，除了会给明宪宗搜罗诸如“中术”类的歪材料外，基本没有正路本事。
朱祐樘与其皇后
对这位老混子，朱祐樘早就反感，而且整治理由更好找。万安当年搜集的“歪材料”，全都在宫里有存档，朱祐樘登基后立刻算账，命太监怀恩将“歪材料”送到内阁，当面给众臣展示，臊得万安当场扑通跪下，当天就罢官回家。其后不久，和万安一同混日子的尹直也黯然离职回乡。但在处理“纸糊三阁老”问题上，朱祐樘最聪明的做法，就是留下了三人中的刘吉。这位刘吉名声同样臭，除了会混日子外，还擅长玩权谋坑人。但朱祐樘却看出来：万安、尹直除了混，基本没本事，刘吉除了会混，也会干事。
朱祐樘
果然不出所料，接替内阁首辅的刘吉，在弘治年间一反常态，不但时常建言国事，更出出力，工作板其负责。特别是西北哈密战事，正是在他的统筹下得以圆满解决小事，正是朱的手腕在清洗了诸多混子同时，朱佑樘也大力提拔了诸多能臣，其中最有名的，就是吏部尚书王恕和部尚书马文升。这两个人，都是成化年间就业绩卓著的老臣王在明宗时期，就做过多地巡抚，出名的正直敢言，也正因为直肠子，当年被明宪宗强迫退体，在家闲了好多年。而朱登基后，立刻将王恕召回，并委任其一个极其重要的职务更部尚书。
王恕
目标也明确：就是用这老直臣整风。王也不含糊，上任就风风火火，先大搞官场考察，考察的标准也极严：不但是有经济问题的要被追查，就连健康有题不能胜任工作的，也一概都要罢免。仅弘治元年（1488），仅经吏部考察被免的官员，就有一百多人，从中央到地方，一片大扫除。而同样担任扫除工作的，就是另一位老臣：兵部尚书马文升。和王一样早在成化年间，马文升也名声在外，在平定满俊叛乱和辽东战事中都屡建战功。而就任兵部后，马文升最大的政绩，就是整顿军队。除了罢免大批不合格武官外，更清理屯田，整顿地方武备，明军的战斗力，一度焕然振作。
辽东战事
而马文升也因此招恨，当时大批被清退的军官，辽东战事甚至埋伏在他下班回家的路上，企图伺机行刺他消息传开后，马文升没怎么怕，朱祐樘却紧张得不行，赶快派锦衣卫日夜护送，生怕有什么闪失。而正是在王恕和马文升的强力行动下，基层一大批庸官懒官得以清除，诸多才俊良臣得以提拔。从中央内阁六部到地，可谓英才荟萃。如果说成化晚期的大明王朝，好比一个血栓严重、行动不便的病人，那么经过朱祐樘早期的清理后，这个王朝的肌体，终于恢复了健康的气色。在吏治得以整肃的同时，成化年间的其他弊政，也逐一得到革除：明宪宗时期的大批“传奉官”，基本都被罢免。
明宪宗与其皇后
其宠信的诸多僧道们，大部分人被赶走，少数罪大恶极的，则依法严惩。而为了应对严重的财政问题，朱祐樘也做了一个大胆的决定割肉。也就是叫停明宪宗时代的各类奢席活动，比如各类正在修建的寺庙道观，没有完律叫停，各色的民间采办也叫停，连宫廷的日常开支也缩减，仅皇官的大监女等各色人员，就比明宪宗时期一下子减了一半，宫廷开支最俭约的时候，成化年间的六成，完全是捏紧荷包过日子。除了朱祐樘知人善任外，更由于弘治初年，几次官场大整顿后，明王朝高效的行政效率。
