公元1759年，清军平定天山南北，将这块汉代西域都护府、唐代安西都护府的故土，重新纳入中国的怀抱。乾隆皇帝取“故土新归”之意，将其命名为“新疆”。时光流逝，100多年后，清王朝内忧外患不断，国力孱弱。新疆的大好国土被一个名叫穆罕默德·雅霍甫（韩文书籍称之为阿古柏，本文也统一称为阿古柏）的外国人割据。
1820年，阿古柏出生于塔什干附近的一个村子里。1867年5月，在南疆建立“洪福汗国”，乘清廷无力西顾之际，东征西讨。至1871年底，阿古柏几乎侵占了全新疆。为了巩固自己的统治，阿古柏在各地设立宗教法庭，强迫异教徒改信伊斯兰教；此外还不惜出卖部分主权极力与英国、俄罗斯交好。更加过份的是为了获得奥斯曼帝国的支持，奉其为宗主国，接受了奥斯曼的封号，把奥斯曼苏丹的名字铸在自己发行的钱币上，并悬挂土耳其国旗。这是赤裸裸的要把新疆从中华大家族中完全分裂出去的无耻行径。
幸运的是，就在阿古柏逐渐侵吞新疆之际，天京失陷，太平天国运动走向终结。大清帝国的首次近代化的努力——洋务运动也开始兴起，迎来了所谓的“同治中兴”，国力在一定程度上得到了恢复。收复阿古柏窃据的新疆地区这一问题随即摆上了清廷的议事日程。最后“塞防”的代表人物左宗棠经过激烈争辩，最终战胜了一李鸿章为代表的“海防”派，清廷决定在新疆用兵。1875年5月，清政府任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。
1876年4月起，经过充分准备的大批清军先后入疆。到7月下旬，连同原驻塔城、哈密的部队，清军已在新疆集结八十余营。坐镇肃州城大本营指挥全局的左宗棠手中尚握有二十个营的预备队。阿古柏的军队实力相当不弱，其总兵力多达五万人，其中骑兵约占三分之一，拥有从英国和奥斯曼获得的优良的武器装备。
1876年8月，清军收复新疆之战终于打响。在左宗棠“先北后南”、“缓进急击”的战略指导下，刘锦棠率军直取乌鲁木齐的北方门户古牧地（今米泉）。8月17日以158人阵亡、450人负伤的代价全歼守敌6000余人。清军的迅速进展令敌军措手不及，在阿古柏从南疆拼凑的5000骑兵尚在增援路上之时，清军已于8月18日光复守备空虚的乌鲁木齐。至11月，阿古柏的势力已被彻底从北疆清除。此时，新疆已经入冬，天山以北已经茫茫一片的冰雪世界。清军转入休整。
达坂城位于乌鲁木齐通往南疆一条穿越天山的隘道中，系清军南下必经之地。阿古柏在此派驻精兵5000余人，并配备了当时最为先进的后装线膛枪。在达坂城侧后方的吐鲁番和托克逊，也分别有8500人、20门火炮与6000人、5门火炮把守，三城互成掎角之势。阿古柏将主力部队集结于此，孤注一掷，妄图凭借天山天险阻止清军的南下攻势。左宗棠也深知此地的重要性，清楚认识到只要占领此三地，则破竹之势可成，也调集了在疆的主力多达五十个营，大约25000人的部队，又配备了强大的炮兵，准备一举歼灭阿古柏军队的主力
1877年4月14日，刘锦棠率领清军三十个营大约15000千余人及炮队离开乌鲁木齐南下，清军乘敌不备，衔枚急进，17日完成对达坂城的包围。城里的阿古柏守军突然被围，惊慌失措，一时间人心惶惶，兵无斗志。19日夜，稍事休整的清军发起了总攻，用三门开花大炮猛轰达坂城。其中有一发命中城中火药库，火药库内的弹药爆炸起火，此时恰逢大风乍起，火势骤涨，阿古柏军血肉横飞，死亡惨重。清军乘势发起总攻，全歼城中守军，生俘包括阿古柏“大统哈”在内的1200余人，而清军不过伤亡100余人。
接连得胜的清军乘胜继续前进， 4月24日刘锦棠分兵6营助攻吐鲁番，自率骑兵14营进击托克逊，敌酋闻风窜逃，部众20000余人于4月26日投降，刘锦棠部攻克托克逊。与此同时，张曜部和徐占彪部在盐池会师后，于4月21日克七克腾木，22日克辟展，25日克胜金台，向吐鲁番挺进。随后，张、徐二部在罗长祐部湘军协助下收复吐鲁番。
至此，清军三路并进，未及半月即收复三城，打开了南疆门户，军事上已成破竹之势。穷途末路的阿古柏也于1877年5月29日凌晨在库尔勒暴死。
正当左宗棠节节胜利之时，英国这个搅屎棍有来使绊子了。原来英国政府担心俄国在中亚扩张，因此想要保留阿古柏政权作为俄属中亚和英属印度之间的缓冲，把南疆西部作为一个“独立国家”向清朝“朝贡”。左宗棠得悉此事之后愤怒地表示，喀什噶尔就是古代的疏勒，“汉代已隶中华，固我旧土”。要撤去中国新疆的屏藩去为英属印度树屏障，这绝不允许。向来在洋大人面前犯软骨病的清廷，这次总算支持了左宗棠的主张，下令前线清军“克日进兵，节节扫荡”。
8月25日，天气开始转凉，刘锦棠率领马步三十二个营为前锋，长驱西进。敌军毫无斗志，劫掠秋粮后放弃库尔勒仓皇西逃。刘锦棠又挑选精兵2500人为先锋，穷追不舍。清军势如破竹，一个月疾驰两千里，两次击溃敌军，一举收复库车、阿克苏和乌什，用兵神速的刘锦棠也得了一个“飞将军”的雅号。清军所到之处受到各族百姓热烈欢迎，当时的英国观察家也承认，清政府的恢复到处受到“人们欣喜的欢迎”。
残留阿古柏匪帮内部人心涣散、矛盾四起。清军也不失时机从南北两路向喀什噶尔发起了钳形攻势，阿古柏的残余势力顿时作鸟兽散。12月17日，两路清军同时抵达喀什噶尔，12月21日与24日，叶尔羌与英吉沙尔先后光复，到了次年（1878年）1月2日，和阗也被董福祥部清军克复，帕米尔高原上的塔吉克族牧民也把阿古柏派去的“官员”缚送清军大营。肆虐新疆十二载之久的阿古柏匪帮终于被彻底从中国领土清除了出去
1884年（光绪十年）11月16日，户部奏请添设新疆巡抚、布政使各一人，除刘锦棠任巡抚外，又调甘肃布政使任新疆布政使。次日，新疆省正式建立。
一部清朝晚年的历史，几乎都是吃败仗，割地赔款，丧权辱国的记载，读来令人气沮。唯有左宗棠的经略西北是个例外，确实值得我们兴奋。清军收复新疆之战，粉碎了英、俄勾结阿古柏侵占新疆的企图，维护了中国的领土主权，打击了侵略者的嚣张气焰。清军收复新疆之战的胜利，为清王朝收复伊犁以及在新疆设立行省，打下了基础。
