在西班牙殖民地时代的大部分时间里。农村地区还存在一种叫做卡西奎的印第安人贵族集团，他们的角色如同印加帝国时代几乎一模一样。那些印第安人贵族通常掌控好几个村庄，在各个社区里拥有自己的私人地产，基至拥有支配社区劳动力和资源的权力。同时，那些卡西奎要负责保护地方宗教和社区成员的风俗习惯，并成为西班牙殖民当局眼中正规的印第安人代表，他们还负责调节当地农民与吉拉卡塔、西班牙殖民当局之间所发生的摩擦。
这些人的地位实际上是比较尴尬的，这些地方政府的官员本身都必须按照西班牙殖民当局的要求确保当地税收的完成和米达职责的实现。当然，他可以依靠吉拉卡塔在当地社区完成这些任务，但他本人、他的土地和他的产品永远不会来自税收和劳动力的派遣。西班牙殖民当局承认他们的后代继承其贵族身份，可以以先生和女士相称，并给他们许多其他特权，使他们与印第安农民具有十分巨大的差别。
但是经过西班牙3个世纪的殖民统治之后，在西班牙人的强行勒索下，当地印第安贵族的社会地位不断下降，其中居住在农村的许多印第安贵族下降到农民身份，如果他们逃亡到城市里，则成为中产阶级或者上层阶级。虽然安第斯地区的印第安贵族比美洲其他地区的印第安贵族存在的时间要长得多，但是在1780年图帕克·阿玛鲁的印第安人大活动和自治问题的推动下他们还是被扫地出门了，因为卡西奎在那场活动和保皇主义领导人中都充当了重要角色。
尽管仅仅是间接统治，西班牙人最终还是控制了地方政府。在这种情况下，西班牙人将全部农村地区如同城市地区一样分散交给西班牙王室官员控制之下的委托人来管理，这种委托人当时叫做“印第安委托人”。这些工资不高的官员负责在不同地区收取税款和征集劳动力，并以此维持当地官府的生存，同时强迫他们管辖下的印第安居民购买他们进口到农村地区的货物。
西班牙商品强行出卖给印第安人证明，这些腰缠万贯的腐败官员已经成为当地印第安人继续憎恨的对象。最后，为了确保美洲的非基督教徒印第安人忠于西班牙王室，王室强行在上秘鲁地区建立天主教教会。1538年，第一批西班牙人在美洲定居的同时，一些世俗神职人员和神父为满足远征者的需求也来到美洲并开始了对印第安人的皈依活动。
这些世俗神职人员队伍中很快加入了正规的传教神父，他们来自美洲的不同教派，其中有天主教主流派、方济会派、奥古斯丁派、摩西派，16世纪中期以后又增加了耶稣会派。所有教派的传教活动都归库斯科负责，但利马为总负责地。但这种制度在1552年发生了变化，当时在该地区建立了第一个主教区，叫作拉普拉塔主教区，主教住在丘基萨卡，10年后那里成为王室听证会的所在地。统治教会机构的建立对于上秘鲁独立中心的形成具有至关重要的意义。
与此同时，整个秘鲁教会都参与到皈依天主教的活动中来，并从1561年开始召开一系列全秘鲁教会会议，这些活动的结果是引导所有正规的和世俗的神职人员都加人到饭依天主教活动的行列中。1561年的第一届教会会议命令将天主教基本原则指导手册翻译成盖丘亚语，1582-1583年的第三属教会会议最终命令在艾玛拉以及其他地区发行一整套天主教教会资料。l584年，在利马出版了第一套天主教著作，到了17世纪前10年，由耶稣会成员路易·贝托尼和迭戈·托雷斯·鲁维奥发表的全艾玛拉语法和指南已经问世。
这几乎是在盖丘亚语天主教基本原则指导手册、语法和指南出版整整一代人之后才实现的，同时也是由许多不同传教神父来完成的。益丘亚语甚至在查尔卡斯也占有绝对统治地位，因此，皈依艾玛拉语的活动后来才开始是完全可以理解的。但这意味着盖丘亚语早已经成为通用语，这是由传教团推动而形成的，甚至在传统的高原地区和河谷地带也是这样。这种对下秘鲁地区较早关注盖丘亚语天主教皈依活动说明了在西班牙征服后全部非艾玛拉语或者非益丘亚语语言在亚普纳河谷地区消失的原因，同时由传教团带来的盖丘亚语所取代。
在其他方面，教会也在积极渗透到艾玛拉人中。到1582年，拉普拉塔主教已经授权科恰班巴的卡西套为纪念圣母而在西班牙征服前的传统的的喀喀湖艾玛拉宗教中心地区建立了天主教兄弟会。科恰班巴修建了圣母殿堂，同时在卡拉布科也修建了这种殿堂，这些殿堂成为皈依天主教活动的突出象征。库帕卡巴纳的圣母殿堂成为该地区毫无争议的中心宗教象征。
但是，这种天主教外表并不意味着当地传统宗教已经消失，或者说皈依天主教活动在印第安人中间已经取得了普遍成功。在大多数地区的私有委托人在16世纪晚期以前一直反对教会神职人员直接与印第安人接触，甚至在查尔卡斯这样的教会命令已经十分有效的省份也没有几个神父，每个“削减城镇”和比较早的定居点只有一座教堂，绝大多数印第安人甚至连神父都没有见过。因此，传统信仰，特别是与家庭和工作相关的信仰，在很大程度上还保留着，这也是当地吉拉卡塔和卡西奎保护行为的表现。
小编认为，天主教还是感觉到自己在西班牙美洲殖民地，已经具有国家宗教和维持社会稳定的工具。这在很大程度上是因为在16世纪末期，以前反天主教的反叛已经在减少，而且到了16世纪末，所有的反叛象征明显都是高举着天主教的藏号反对西班牙。过去反叛的宗教象征都是当地的信仰，或者是社区宗教圣物，而现在则变成了深色的库粕卡巴纳圣母成为领导艾玛拉和益丘亚人反对白人压迫者的旗帜。
