崇祯十五年，华北遭遇了严重的鼠疫，兵部尚书孙传庭奉旨镇压李自成的闯军，但军中遭遇瘟疫士兵大批倒毙。神医吴又可在孙传庭军中自创祛病良方，殚精竭虑治疗瘟疫，医治好了大批官兵。但吴又可的妙手挽救不了大明王朝的劫数，孙传庭带兵出潼关战闯王，最终兵败身亡，吴又可的治瘟经验却总结成《温疫论》，穿越王朝兴衰流传下去。
明末华北的鼠疫导致官军战斗力剧减，成为压倒大明王朝的最后一根稻草；其次，通过对孙传庭和吴又可的刻画，阐述了一个道理：长期问题没有办法通过短期手段来解决，无论是妙手仁心的神医，还是铁血冷酷的名将，都挽救不了积弊已久沉珂无数的王朝，纵有救世之才，也是回天乏术。
什么是长期问题？人口结构是长期问题，医保筹资是长期问题，人才培养是长期问题，尊医重卫是长期问题。这些问题都需要未雨绸缪和长期布局，才能换来一代人晚年的老有所医。如果拖到病入膏肓，短期手段或许会是一剂猛药，但只能用来保命，却不能用来救人，而且通常代价惨重。崇祯皇帝催促孙传庭出潼关，解围开封城。此时军中还有大量没有治好的士兵，孙传庭既没有粮食养活这些士兵（缺钱），也没有足够的吴又可们来诊治（缺人），于是他用了一个简单的办法来解决：把患病的士兵集中起来，一把火全部烧死。
历史的劫数，希望永远都不要再上演。
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