崇祯元年(1628)七月十四日，朱由检在紫禁城平台召见了蓟辽总督袁崇焕，大学士刘鸿训、李标、钱龙锡等。这次，朱由检十分重视与袁崇焕的谈话，他对辽东局势十分关注。召见之后，一番慰问，朱由检转入正题，询问袁崇焕有什么办法能平息后金的侵扰，进而收复辽东失陷土地。袁崇焕回答道:“臣已经在奏疏中说得具体明白，希望陛下能赐予我便宜之权，这样五年之内，可以收复整个辽东。”
朱由检十分高兴，对袁崇焕说，若收复辽东，封伯封侯和奖赏，都是必不可少的，希望你能继续努力，解除辽东威胁。旁边，钱龙锡等阁臣也随声应和说:“崇焕肝胆意气，识见方略，真乃奇男子也。”
谈话告一段落，朱由检回便殿休息。给事中许誉卿问袁崇焕:“你答应五年收复辽东，采取什么措施?人力和物力如何调配?困难如何解决?”袁崇焕的回答让他吃惊，袁崇焕说这只是为了安慰皇上急于收复辽东的心情，才这么说的。许誉卿大吃一惊，提醒袁崇焕:“皇上是英察之主，如果不能按时收复辽东，皇上怪罪下来，你如何是好?”袁崇焕在他的提醒下，才意识到了问题的严重性。因此，在皇上休息后再次答对时，袁崇焕提出了具体的军饷和器械、用兵选将的要求，对此，朱由检样样都予以允诺。朱由检对袁崇焕满怀希望，还应他的要求，赐给了他尚方宝剑。
这次的召对，其实已经为日后袁崇焕的被杀埋下了祸根，臣子轻率许诺，皇上轻易相信，君臣之间都要为日后的悲剧买单。崇祯二年(1629)十月，继承汗位的皇太极率领后金军大举入侵明
朝。皇太极吸取进兵宁远、锦州兵败的教训，放弃强攻宁、锦坚城的方略，取道蒙古，以蒙古喀喇沁部骑兵为向导，亲率八旗大军，避开袁崇焕防守的关宁锦防线，突袭明长城蓟镇防区的脆弱隘口龙井关和大安口，破墙入塞，进攻北京。
遵化是京东的重镇，袁崇焕想把后金的军队阻截在这里，他急令平辽总兵赵率教率四千兵马驰救遵化，走抚宁、迁安这条路线赶往三屯营。要他务必在后金走完从喜峰口到三屯营地五十里路前，跑完这条二百六十里地路，抢在后金头里冲过即将闭合的封锁线，直接进入遵化城进行防守。
十一月初二，山海关总兵赵率教在遵化和三屯营间遇伏，四千骑兵全军覆灭。后金军歼灭赵率教的军队后，一反四天来按兵不动的态势，主力迅速西进。初三凌晨，后金军抵达遵化城下，城内的内应立刻打开城门引后金军入城，明巡抚王元雅自杀殉国。同时后金军还对三屯营发起了攻势，并在一个时辰内破城，封闭了后路侧翼的战线缺口，并随即向西发展，沿着赵率教的来路疾行而进，行动再也没有一点缓慢的样子。
十一月初四，后金军两天两夜强行军西进一百里，攻陷迁安，兵锋威胁永平、抚宁。这时袁崇焕已经率领二万关宁铁骑入关，他看也不看右翼正受到威胁的永平、抚宁一眼，取道昌黎、滦州，直奔香河而去。初七，后金军破三屯营。明朝丧失了将后金军堵在遵化的机会。皇太极命留兵八百守遵化，亲统后金军接着南下，向北京进发，逼近蓟州。这时，袁崇焕亲自带领九千兵马急转南进，实施其第二步想法就是把后金的军队阻截在蓟州。
袁崇焕于十一月初五，督总兵祖大寿、副将何可纲等率领骑兵，亲自疾驰入关，保卫北京。至此，袁崇焕在关外的三员大将—赵率教、祖大寿、何可纲，全部带到关内，可见袁崇焕已经下定决心，不惜任何代价，誓死保卫京师。十一月初九，袁崇焕到了蓟州顺天府。初十，袁军驰入蓟州。蓟州是横在遵化与通州之间的屏障，距离北京东郊通州约一百四十里。袁军在蓟州阻截，“力为奋截，必不令越蓟西一步”。十一月初十，袁崇焕上疏崇祯帝说:“我们进入蓟州让兵马稍微休息一下，细致地侦察一下敌我形势，然后严格注意后金军的动向，奋力阻截住他们，一定不会让后金军越过蓟西”。皇太极知道袁崇焕在蓟州阻截他，并未与其交锋，潜越蓟州。十一月十四日，袁崇焕的斥候侦察到后金军大队潜越蓟西。这样袁崇焕在蓟州拦截皇太极军队的计划落空了。
袁崇焕在蓟州拦截失败后，并没有选择直接往西尾随追击后金军，而是前往位于蓟州西南的河西务。十一月十六日，袁崇焕的军队到达河西务。河西务在天津和北京之间，大约离北京一百二十里，位于三河西南、通州东南。这时候皇太极军队已在通州附近，他选择了绕过通州，直奔北京。
面对后金军的大举进攻，崇祯帝做出部署。首先，启用年届七旬、已经退休在籍的孙承宗做统帅，负责京畿地区的防务。其次，崇祯帝谕袁崇焕调度各镇援兵，相机进止。这时共有四个镇的明军前来勤王。除袁崇焕驻蓟州外，昌平总兵尤世威驻密云，大同总兵满桂驻顺义，宣府总兵侯世禄驻三河。
再次，加强北京城防。崇祯帝下令，在京官员、皇亲国戚、功臣宿将，带着自己的家丁到城墙巡逻和守卫。同时，还让太监来守城。明大同总兵满桂、宣府总兵侯世禄率兵，也来到北京城德胜门外扎营。十一月二十日，八旗军兵临北京城下。
崇祯帝任命多位官员协理京营戎政，练兵筹饷，料理守御。但北京已有多年没有经历过战争，这导致城防疏薄单弱。京门初战首先在德胜门外打响，城外明军主要是大同总兵满桂和宣府总兵侯世禄的勤王部队，另外参加战斗的还有城上的卫戍部队。
十一月二十日，皇太极亲率大贝勒代善和贝勒济尔哈朗、岳、杜章度、萨哈廉等，统领满洲右翼四旗及右翼蒙古兵，向满桂和侯世禄的部队发起猛攻。后金军先发炮轰击，发炮完成，蒙古兵及正红旗护军从西面突击，正黄旗护军从旁冲杀。不久，侯世禄兵被击溃，满桂率军独前搏战。城上明兵发炮配合，但误伤满桂官兵，死伤惨重。满桂身上多处负伤，带败兵一百多人在城外关帝庙中休整。第二天，守军打开德胜门的瓮城，供满桂的残兵休养。就在德胜门之战的同一天，广渠门也发生激战。
广渠门之战当天，袁崇焕、祖大寿率骑兵在广渠门外，迎击后金军的进犯。皇太极派大贝勒代善及贝勒阿巴泰、阿济格、多尔衮、多铎、豪格等率领白甲护军及蒙古兵两千，迎击广渠门袁崇焕军。袁崇焕有九千骑兵，令祖大寿在南，王承胤在西北，自率兵在西，结成“品”字形阵，阙东面以待敌。后金军的前锋阿巴泰部、阿济格部、多尔衮部、豪格部，先直扑祖大寿部东南角。四部在即将与祖部接战时，后金军发现王承胤部，一部分后金军(即豪格部)又向北直冲王部，王部徙阵南避。其余三部仍直冲祖部，祖大寿率兵奋死抵御，后金军前锋并未击穿祖部，祖部边战边退至城壕。后金军两次冲锋都没有彻底击溃王、祖两部，再集中两路骑兵向西闯袁崇焕军阵。袁崇焕率领将士英勇抵御，奋力鏖战。袁崇焕被后金军的箭矢射得两肋如猬，但因身穿重甲没被射穿。之后，南面大兵复合，后金军开始撤退。明军追击到运河边，后金军损失严重。
十一月二十三日，崇祯帝于紫禁城平台召见袁崇焕、祖大寿、满桂、黑云龙等，袁崇焕向崇祯帝提出，连日征战，士马疲惫不堪，请求援引满桂所部进入德胜门瓮城的先例，准予所部官兵进到城内稍事休整，补充给养。崇祯帝拒绝了他的请求。袁崇焕军只得继续在北京城外露宿，同皇太极军进行野战。
北京城外的勋戚大臣等人对袁崇焕极度不满，纷向朝廷告状:“袁崇焕名为入援，却听任后金军劫掠焚烧民舍，不敢前去阻拦，城外的外戚勋臣的庄园土地被后金军蹂躏殆尽。”崇祯帝因此逮其下狱，总兵祖大寿见袁崇焕遭下狱，率师一万五千人离京东返，后因孙承宗调度有方，才停兵待命。
此后，充任文武经略的尚书梁廷栋及满桂相继败于西直门、安定门，满桂战死。明总兵马世龙受命指挥各路援兵，保卫京师。后金军见此次南下目的已经达到，于次年正月连克通州、迁安、遵化、滦州诸镇北归。
十一月二十四日，皇太极因在广渠门作战失利，移军南海子(南苑)，在此一面休养一面牧放马匹，伺机再攻。二十七日，双方激战于左安门外。
在广渠门之战前后，袁崇焕率领的关宁军多次要求入城休整，均未获得允许(勤王援军不入城是明朝规定)。在面对敌人数千兵力的情况下，与后金军交战，在京营出击接应的情况下，击退了后金军。这时袁崇焕急不可待地要入城“议饷”。袁崇焕来到北京城下，北京这时是九门戒严，城门禁闭。城上用绳子吊一个筐子下来，袁崇焕就坐在筐子里被提到城上。袁崇焕到了平台之后，崇祯皇帝严肃地坐在那里，没有议军饷，而是下令将袁崇焕逮捕。
崇祯三年(1630)八月十六日，蓟辽督师袁崇焕被凌迟处死。
据清修《明史》的记载，崇祯是中了皇太极的反间计才杀了袁崇焕。事实真的如此吗?这里面有一个大疑问，即:从袁崇焕被捕入狱到他被处死，中间相差了八个多月。通常来说，中反间计都是一时脑袋发热犯错，中间有八个多月缓冲，说反间计，实在让人难以想象。
可以说，《明史》中反间计的提法，其实很可能是一个谎言，因为表现得犹如演义小说，给人不靠谱的感觉。让人遗憾的是，如今人们对此还深信不疑!
既然如此，袁崇焕因何而死呢?关于这一点，大家都了解的三个原因:一、擅杀毛文龙;二、在没有朝廷授权下和皇太极议和，且还“市米以资盗粮”;三、清军入关抢劫，督师袁崇焕竟然毫不知情(在十万清军入关之后，袁崇焕才获悉)!因此，孙承宗、王在晋、朱舜水等，对袁崇焕被杀，并不认为袁崇焕冤枉!
然而，这就是袁崇焕被杀的根本原因吗?其实也不是。如果袁崇焕因擅杀毛文龙和背叛明朝等而被杀，那么根本用不着等八个多月，早就被处死了。
其实，有两个细节被大家忽略了，即:一、袁崇焕被抓之后，关宁铁骑不打招呼就走了，眼里根本就没有皇帝;二、袁崇焕被抓之后，崇祯控制不了关宁铁骑，无奈之下，让狱中的袁崇焕写信给祖大寿，关宁铁骑才再度入关勤王!这说明了什么?关宁铁骑，已经脱离了中央管控，成了一支独立的私军!在这种情况之下，崇祯对袁崇焕能放心吗?所以，袁崇焕必死无疑!即便换成秦皇汉武唐宗宋祖，面对袁崇焕这种情况，也只能杀之!所以，《明史》上的记载，只是给皇太极脸上贴金而已!
由此可见，袁崇焕被杀，关宁军不听中央调遣才是真正原因。
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