西晋建国以后，马上以摧枯拉朽之态迅速灭亡，北方陷入一片混乱。五胡饮马长江，北方的士大夫只有南下谋求新的生存之道。江南一带虽然没有遭受战火洗礼，可是却早已被几个大家族、大势力垄断。
司马家族想要重振皇室的权威几乎成为了不可能的事情，就连当时司马家族在南方的代表司马睿其实也已经远离了司马家族的核心位置，司马睿的祖父是司马懿最小的儿子，与当时的司马邺比起来，简直就是远得不能再远的亲戚了，几乎不被南北士族所认可。
不过幸运的是，司马睿身边有一个人——王导。王导是琅琊王氏的中坚力量，不但有钱有势，而且能说会道。在王导的策划下，硬生生的将一个远方的皇族捧到了帝王的位置上，并且还是开国皇帝，这在中国历史上几乎就是一个孤例。
不过也正因为如此，司马睿并没有真正的掌控大权，所以才发出“王与司马”共天下的感叹。他说这话的时候“王”是在前的，“司马”是在后的，在那个时代是有着非常重要的政治意义的，也就是如此，东晋才开启了所谓的“门阀政治”。
这种政治直白一点说就是士族与皇权之间的博弈，只要其中一方的势力稍微大一点，天平就会倾斜，对于双方带来的都是不可磨灭的灾难。在王家独大的时候，司马睿很敏锐的就察觉出了其中的奥妙，他的解决方案就是：迅速让其他大士族进入统治核心，分享权力达到共同对抗王家的目的。
根据《晋书》记载，当时琅琊王氏一方面在扶持司马睿称帝，一方面在长江一带囤积了很多粮草和士兵，企图等待时机成熟的时候一举将司马家族消灭，而这个漫长的等待过程中司马睿重用刘隗、刁协等人与王氏兄弟抗衡。
终于在这场博弈中，王导的堂兄王敦安耐不住，以清君侧讨伐刘隗的名义，出兵建康，不过这场叛乱迅速被江南另外一个大士族郗氏，迅速扑灭。经过此次事件司马睿表现出了一个非常老道的政治家的本色，他并没有重用郗氏，而是将大权交给了庾氏家族。
不得不说司马睿这一手非常厉害，这一下自然会促成郗氏家族与王氏家族的联合，中央又有自己与庾氏家族，朝堂政治形成了新的平衡，这种平衡一直持续了一百多年。
虽然期间也出现过几次大士族的谋反行为，却都被迅速扑灭，比如前面说过的王敦，后面的桓玄其实都是一样，哪怕建康城已经陷落，江山已经改旗易帜，各大家族为了自身利益还是会不顾一切将司马家的子孙后辈捧到皇帝的宝座上。桓玄就曾经攻陷建康，建立过短暂的大楚政权，最终也是以失败收场。
门阀政治是东晋时期特有的政治形态，也有学者说这种政治形态很像君主立宪的雏形，他们这么说其实是有道理的。东晋的皇帝实权都不大，但是除了前期的琅琊王氏家族之外再也没有出现过一个独大的现象，也没有哪一个家族能够一举消灭其他势力，权利都在“王、庾、谢、桓”这几个家族中互相轮换。
这就导致了人才选拔危机，人才不论德行与才能，只看出生。也就是“上品无寒门，下品无世家”的局面，在东晋只要你姓王，哪怕是个弱智，朝廷都会安排一官半职；相反的，哪怕你有经天纬地的才华，出生不好终生都不会有出头的机会。所以才有了“旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家”的诗句。
这种人才选拔策略看似非常无厘头，也被后世多加批评。但是把视角放在当时其实是有道理，也非常符合当时人的社会观念。皇帝与士族互相依附，士族只有把自己家族的人放在朝廷的重要岗位才能确保家族的权利得以延续，对于皇帝而言，他也是默许的，因为当时除了江南一带的内部矛盾之外还有北方胡人的外部矛盾。
东晋时期的北方胡人异常凶猛，先后建立起十六个国家，就是著名的“五胡十六国”。蜷缩在南方的，无论是司马家还是各大氏族，都非常害怕北方的胡人南下，也正因为如此皇帝给予了世家大族拥兵的权利，这种拥兵至少也得要有一个限度，如果是平常百姓当政，让他拥兵就会造成后来刘裕灭晋的惨案，所以在皇帝眼中让大士族掌兵、掌权是最安全的保障。
前秦皇帝苻坚就曾经发动过“淝水之战”意图一举攻克江南，统一中国。在南方主要参战的就是谢家的“北府兵”，也正是这种士族专兵才让门阀政治持续了一百余年。
这种政治形态的最大特点就是：皇帝与大士族之间的互相依附，皇帝因为自身的血统成为了大士族掌控权利的傀儡，大士族的财力、物力、人力又为皇族提供了获得政治权利的安全保障，他们的关系是互为筹码，没有哪一方能够绝对胜出，直到最后太原王氏登场，才一脚踢飞这场游戏的桌面，洗牌重来，一家独大。
