朱元璋设立的封藩制度，与前代封建制度相比，有一个最大的特点。
特点是所谓的“列爵而不临民”，也就是说各地的藩王不负责民政，民政官员仍然由中央朝廷委派，但洪武朝藩王的军事权力却极大。时间一长，随着功臣的诛除殆尽，这种军事权力是越来越大，军事实力也越来越雄厚。
其中燕王朱棣作为朱元璋最欣赏的皇子，手握重兵坐镇北京，本来是用来对付逃到北方的蒙元残余势力的，但时移势易，现在却成了新登基的朱允炆的最大、最现实的威胁。建文帝面对威胁，和心腹大臣着手削藩，还没有来得及削到朱棣的头上，战争就爆发了，叶伯巨当年的预言果然不幸被言中。
按说，朱棣虽然在诸藩王中实力最为强大，但与中央朝廷相比，终究还属于弱势一方，为何短短三年就反客为主了呢？这又不能不归咎于朱元璋。
因为朱元璋在生前，已经将元勋全部屠戮，导致建文帝现在已派不出一个得力的大将！中央朝廷这边最初的统治者是耿炳文，虽然此人的战史很长，元未的时候，曾经跟随朱元璋作战，但他从未独当一面，最多只是一员偏将。加之他如今年纪已经很大了，缺乏锐气，哪里是骁勇善战的朱棣的对手？
耿炳文打了败仗之后，朝廷又选调李景隆统兵，此人是名将李文忠之子，但根本就是一个纨绔子弟。
就这样，虽然朝廷方面在实力上占尽优势，也有一些勇将，却因缺乏智勇深沉、谋略宏远的统帅，在战场上只堪与朱棣打个平手。最后朱棣放弃与朝廷车一城一地之得失，突出奇兵，直捣南京，在京城宦官的策应下，最终如愿以偿。
关于建文帝的下落，说法不一，有的说自焚，有的说出逃，均无确切的记载。也不知晓他在自杀的前一刻，或在出逃的过程中，是否想到了将江山亲手交给他的爷爷？
朱元璋去世前的几年之中，为了孙子能够坐稳皇帝宝座，堪称殚精竭虑。然而，事实却是，正是他的一些旨在确保江山稳固的决策，令结果事与愿违，使自己的孙子有四海之尊，却不能保全性命，这真是一个巨大的讽刺。
清代学者查继佐曾经感叹道：
如果当年明太祖没有将功臣斩尽杀绝，最后的蓝玉、傅友德、冯胜这三人中哪怕还留下一个，朱棣又怎么可能轻易成功？
