在嘉靖年间，应付倭寇之乱时，将领戚继光在浙江地区采用招募民兵加以训练的方式，来取代不堪的卫所兵。正因为明朝正规军卫所军的不堪用，故这些民兵，成为在明朝后期逐渐担负起维持明朝有效统治的作战部队。
在嘉靖年间，应付倭寇之乱时，将领戚继光在浙江地区采用招募民兵加以训练的方式，来取代不堪的卫所兵。正因为明朝正规军卫所军的不堪用，故这些民兵，成为在明朝后期逐渐担负起维持明朝有效统治的作战部队，而其中最为有名的就是戚继光的召募以浙江人为主的戚家军、李成梁李如松父子麾下的辽东铁骑及袁崇焕所召募以辽东人为主的关宁铁骑。
明朝改革元朝军事制度，创立了独具特色的卫所制：皇帝独揽军事大权，全国要地设立卫所，军丁世代相继，给养仰赖屯田.此制在维护明朝君主专制主义中央集权的统治中发挥了巨大的作用.军队的统辖与卫所制朱元璋统一全国后，采纳刘基建议，立军卫法，在全国建立卫所，控扼要害.中央设大都督府.洪武十三年(1380)改为五军(即中、左、右、前、后军)都督府，为最高军事机关，掌管全国卫所军籍.征讨、镇戍、训练等则听命于兵部.
遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，发给印信，率领从卫所调发的军队出征.战争结束，领兵官缴印于朝，官军各回卫所.这种统军权与调军权分离和将不专军、军不私将的制度，旨在保证皇帝对全国军队的控制.在地方，设都指挥使司(简称都司)，置指挥使，为地方统兵长官.都司之下，在冲要地区的府(含直辖州)、县(州)置卫或设所.
一般卫由卫指挥使率领，辖5个千户所，共5600人;千户所由千户率领，辖10个百户所，共1120人，百户所由百户带领，辖2个总旗，共112人;总旗辖5个小旗，共50人;小旗10人.洪武二十六年(1393)，定全国都司、卫所，共设都司17个、行都司3个、留守司1个、内外卫329个、守御千户所65个.兵额最多时达270余万人.
明代设在地方统率军队的部门分为都指挥使司、卫、所三级。
都指挥使司又叫都司，是负责一个地区统率军队的领导性机关，辖有若干个卫和所.都指挥使司是省一级“三司”之一，设都指挥使一人，都指挥同知二人，都指挥佥事四人，还根据需要设置若干僚佐胥吏.全国各个都指挥使司分别辖属五军都督府领导.明代的国防制度。
