到了明世宗的时候，倭寇乘着东南沿海防卫空虚，多次侵犯。更为可气的是当时的地方贪官、恶霸、奸商、罪犯等都勾结倭寇，共同谋利。
其中浙江、福建、广东三省成了重灾区。
边境告急，大明朝政府不能再坐视不管，决定剿匪。并于1555年派戚继光、谭纶、俞大猷为剿匪三剑客，分别坐镇宁波、绍兴、台州，打击倭寇。
戚继光一到宁波就给倭寇一个下马威，在龙山打的倭寇哭爹喊娘、落荒而逃。首战告捷，但戚继光非喜反忧。
忧什么呢？
担忧军队的战斗力，通过第一回合的剿匪，戚继光发现军队作风涣散，主要体现三个方面：一是组织纪律不强，二是素质不高，三是精神萎靡。
原来剿匪胜利后，有这样一段小插曲，一个士兵兴高彩致地拎着一颗人头来请功，说是在战场上斩杀的倭寇。戚继光正要对他进行精神和物质上的奖励时，急匆匆跑来一个士兵，他不但两手空空，而且哭的梨花带雨。戚继光皱着眉头，问：“没有在战场上擒杀敌首级，也不用这么哭丧着脸吧。”那人头摇的象拔浪鼓：“不是请功的问题的，是……”他指着先前士兵拿着的首级说：“这是我的弟弟啊，受伤倒在地上，他二话不说就割了他的头，然后跑来请功……”
戚继光一听很是气愤，还没有发作，又跑来一个士兵，都拎着血淋淋的人头，说是来请功的。一查，被杀的竟是十多岁的无辜少年百姓。
最后，两个邀功的人都被处死了，但这件事却让戚继光很是触动：
打铁还须自身硬。为此，戚继光决定好好整顿一下军队，并且马上来了三步走：
第一步：取其精华，去其糟粕。部队里那些游手好闲、刁滑怕死、滥竽充数的人统统淘汰掉，留下那些政治素质高、且有本领的将士。
第二步：它山之玉，可以攻山。以优厚的待遇招募新兵，为此，他亲自严把政审关，并对身体结实、能吃苦耐劳的农民工优先录取。
第三步：没有规矩，不成方圆。对新组建的军队，戚继光马上展开了魔鬼训练，并且明确军队的纪律，制定出台了许多硬性规定，一定违规，严惩不贷。
三管齐下之后，戚继光的军队很快就焕然一新了。
再上战场时，战争力果然大不一样了，居然战无不胜，攻无不克。闻风丧胆的倭寇称戚继光为“戚老虎”，而当地百姓则尊称戚继光的军队为“戚家军”。
1561年，戚继光联合谭纶的军队，到台州剿匪，结果几番交战后，把敌军逼到了太平（今浙江温岭）的南湾。倭寇负隅顽抗，为了啃下这块硬骨头，戚继光一马光先，拿起弓箭，只听见嗖的一声，把举旗的倭寇头目给射死了，旗子倒后，倭寇如山倒，戚家军一鼓作气，乘胜追赶，结果倭寇前面是戚家军，后面是大海，不是被杀死，就是掉海而死。
歼灭了浙江的倭寇后，戚继光又奉命带军进入福建剿匪，经过大小数十场的交战，这里的倭寇也被剿灭了。
至此，横行大明朝东南沿海数十年的倭寇彻底解决。
