公元313年，刘聪毒死晋怀帝，西晋遗老官员扶植晋怀帝的侄子司马业在长安登基，史称晋愍帝，他也是西晋的最后一位皇帝。公元316年，后汉军队攻陷长安，西晋彻底灭亡，北方地区进入五胡十六国时期。
西晋灭亡后，公元317年，镇守南方的琅琊王司马睿被拥立为帝，继承了晋的国号，定都建康，即今天的南京。司马睿成为东晋的第一个皇帝——晋元帝。
司马睿上台后，军政大权依然掌握在王氏手中，时称”王与马，共天下”。从晋元帝时期开始，东晋就形成了门阀政治的独特格局，即几大士族与皇帝共同治理天下，皇帝甚至只是士族手中的政治工具。
公元382年，已经统一华北的前秦皇帝苻坚召集文武大臣，提出自己的主张，想要亲率大军，一举消灭东晋，让群臣加以讨论。很多大臣都反对苻坚出兵，他们认为东晋虽然内部斗争严重，但是前秦军队劳师远征，东晋又占据了长江之险，因此，获胜的几率非常低。
可是苻坚一意孤行，开始从平民之中征兵，公元383年7月，苻坚任命自己的弟弟苻融为前锋都督，自己亲率征集的八十余万大军攻打东晋。 不过，在这八十余万大军之中，大部分人都是汉族老百姓，他们的祖先也都是西晋王朝的子民，他们本来就不愿意作战，因此，根本没有旺盛的战斗意志。
谢安训练了一支精锐的”北府兵”，派自己的弟弟谢石、侄子谢玄等人带领八万军队御敌，最终与前秦军队在位于安徽省寿县附近的淝水展开决战。
苻坚劳师远征，害怕打拉锯战，需要速战速决。前秦军队率先在淝水的西岸布阵，随后，东晋军队也在淝水东岸摆开了阵势。
谢玄派人前去对苻融说，你们孤军深入，没有太多的粮草可以支撑，不如我们速战速决，你们军队暂且后退，让我们晋朝的大军渡河到淝水西岸，我们一决雌雄。
苻融同意了这一建议，于是命令军队向后退却，可谁曾想，前秦的军队都是临时征调的士兵，本来就无心打仗。一听说向后退军，霎时间军队大乱。
这一下正中了谢玄和谢石等人的计策，谢石立即命令东晋大军渡河，并放箭射杀前秦士兵。东晋最终以少胜多，打败了不可一世的前秦，巩固了东晋政权。
公元420年，刘裕逼晋恭帝禅位，自己称帝，改国号为宋，史称刘宋政权。东晋从此灭亡，中国历史进入南北朝时期。
东晋之所以最后被刘裕篡位取代，实在是两晋时期争权夺利、篡权的事情发生得太多了，司马家族造下的罪孽，最后落到了子孙的身上。
