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1937年10月12日，国民政府军事委员会宣布，南方8省14个地区参加抗日的红军游击队改编为国民革命军陆军新编第四军。当时只有50多人的琼崖红军游击队既没有参加八路军改编，也没有参加新四军改编，但到1950年4月海南岛战役时已发展到2.5万人。
琼崖纵队自1927年9月23日的海南岛暴动算起，强敌环伺、孤岛作战、四面环海、远离中央、外援困难、武器落后……23年间红旗始终不倒，创造了中国革命史上的奇迹。
这支人民武装在土地革命战争、抗日战争和解放战争中经历了长期艰苦卓绝的斗争考验，创立了以五指山为中心的革命根据地。纵队司令员兼政治委员冯白驹，被周恩来称作“琼崖人民的一面旗帜”。
1932年至1937年，1941年6月至1946年9月，琼崖党组织先后两次十年与党中央中断联系，在得不到党中央直接的指挥调度下，琼崖党组织在极端困难的情况下，带领着琼崖纵队不屈不挠艰难前行。
著名的红色娘子军，就出自琼崖纵队这支光荣的队伍。
1939年春，日军侵略海南岛，300多万海南人民面临着生死存亡的严峻考验。在这个关键时刻，在云龙改编成立不久的琼崖抗日独立队（后扩编为独立总队、独立纵队），高举爱国旗帜，在南渡江潭口渡口英勇阻击日军，打响了琼崖抗日独立队抗击侵略者的第一枪。
在琼崖六年多浴血抗战中，琼纵的干部战士高举爱国旗帜，弘扬民族精神，不甘当亡国奴，宁死不屈，不惜一切代价，与日军进行了生死搏斗。据统计，共与日伪军作战2200多次，毙伤日伪军5400多人，取得了琼崖抗战的伟大胜利。
至抗战胜利，纵队发展到7000多人，解放了海南岛五分之三的地区。
1949年秋，国民党军一部先后从大陆退据海南岛，琼崖纵队遂转入保卫五指山中心根据地的反“清剿”斗争。12月，琼崖纵队遵照中共中央关于配合中国人民解放军第四野战军解放海南岛的指示，在动员岛上军民迎接主力部队渡海登陆的同时，还派出部分干部，带领一批船工和船只，到达雷州半岛，积极配合渡海登陆兵团作好准备。
1950年春，纵队以5个团先后4次成功地接应第15兵团两个加强营和两个加强团偷渡登陆，为主力部队大规模渡海作战创造了有利条件。4月16日，兵团主力实施强渡登陆作战，琼崖纵队以全部10个团分别担任接应和配合任务。17日，兵团主力登陆成功后，琼崖纵队即配合主力进行琼北地区的围歼战和追歼逃跑的国民党军，至5月1日全岛解放。此时，琼崖纵队总人数到达2.5万余人。
毛泽东关于海南战役的指示中说：“海南岛与金门岛不同的地方，一是冯白驹的配合，二是敌军战斗力较差。”海南岛能迅速攻占，没成为第二个金门岛，冯白驹功不可没！
海南解放后，琼崖纵队又担负剿匪和保卫海防的任务。1950年7月，根据中南军区命令，琼崖纵队改编为中国人民解放军海南军区。
