首先，封建权力的一个基本逻辑：统治者只有一个，代入这个逻辑，分析古时候那些君主权臣做的事情，就知道了。做这些事情既是为了验证也是表示自己是那个人，那个掌握大权的人。万历搞张居正，既能出自己这么多年受的窝囊气，还能肃清前任影响（主要是这个），一举多得，为什么不搞呢?纵观史书，皇帝前任要是自己的爹或者妈的，都是供起来的。他们的脸就是自己的脸，他们的影响就是儿子的影响，他们说的话做的事自己都是要支持的。
前任是那些什么托孤大臣，什么摄政王的，有一个算一个通通要搞死，国家是寡人的家，不是他们的，他们之前做的事说的话朕满意才可以，不满意祖坟都给你刨了。另外，吕后和武则天都是一样掌权，为什么史书评价不一样？因为吕后的儿子死绝了，之后继承的和姓吕的一点关系没有。武则天被退位之后还能安享晚年，是因为接她班的是她亲儿子，肉烂在锅里，往后唐朝皇帝永远有她武则天的血脉，那些小辈再怎么作，不能打自己祖宗的脸吧。
张居正没能把成为万历的自家人，也没有成为家的主人，只是短暂的来借个宿，家里孤儿寡母的，他就顺便把屋收拾得井井有条把大梁挑起来了，等小孩子长大了当家了，一想到这么多年有个人在家里对自己指手画脚的，他的结局就已经注定。而张居正要成为这个自家人，不止是万历心里的自家人，还要让群臣百姓都要相信他们是一家（诸葛亮做到了）才可以，这两个都好难。成为家的主人，这个选项在明朝不要考虑，前中期造反可能成功的前提，首先你得姓朱。后期当这个家，还有那个事业心的话，能累死我觉得一开始的时候张居正老师的个人污点在万历看来都能原谅。
毕竟对自己对国家恩情太大了，而且万历并没有认识到这个问题触及皇权根本了。但是日子久了，身边的不同党派，之前大多被张居正打压过，到了报复的时候了，死后清算，生前斗不过你，你死了我想怎么说就怎么说了。老百姓在说，言官也在说，身边的太监可能也在说，当他心里根深蒂固的认为张居正大于皇权的时候，这个时候，张居正就危险了。皇权被挑战，在他的太祖朱元璋、他爷爷嘉靖等任何一个皇帝心中绝对是不允许的，这是皇帝的尊严！万历就这样慢慢的一步步的坚定了清算的念头。皇权，是根本原因！在任何一个皇帝心里，这是尊严！五、附加讨论28年不上朝，迟迟不立太子。
张居正触及皇权根本这件事对于他个人打击实在有点大了，在清算张居正的时候，万历是一个不到25岁的少年，自己一生中最崇拜的人竟然是这样，自己竟然把他坟给刨了，并且使用了明朝最为残酷的刑法之一。在此之后，难免有些心灰意冷，再加上言官对万历本人指指点点，一有不对的便指指点点。在万历心中，我个人觉得应该都是在挑战皇权，谁想命令万历？我是皇帝，我的尊严不容得你们说三道四，立谁为太子这是我的家事，或者是我皇帝自己的事情，你们要是谁敢提这个事，就是在挑战皇权？就有种一朝被蛇咬十年怕井绳的感觉！个人认为张居正算是明朝能拿的出的最优秀的政治家，没有之一，尽管有些劣迹。
