皇太极的父亲努尔哈赤没有正式打过朝鲜。不过在历次与明朝作战时，都有朝鲜兵帮助明朝参战，努尔哈赤每次都是将他们溃退。有一次被俘数千人，努尔哈赤把俘虏还给了朝鲜，朝鲜国王还做书道谢。
努尔哈赤死后，他的儿子皇太极为了解决后顾之忧，大举伐朝鲜。
1627年丁卯（明天启七年，朝鲜仁祖五年，后金天聪元年）正月初八，皇太极以朝鲜“助南朝兵马侵伐我国”、“窝藏毛文龙”、“招我逃民偷我地方”、“先汗归天……无一人吊贺”四项罪名，对朝鲜宣战。
皇太极命阿敏、济尔哈朗、岳托等人率军东征，阿敏率领三万余骑渡过鸭绿江，攻占义州，济尔哈朗则率领大军进攻毛文龙驻扎的铁山。毛文龙退居皮岛。阿敏认为皮岛隔海相望，没有水师，无法进攻，而义州则被后金轻易攻取，说明朝鲜防御力量很弱，足以取胜。因此，后金把进攻目标转为朝。阿敏率领大军南下，一面放兵四掠，一面以待朝鲜请和。
朝鲜仁祖得到后金大军南下、定州失守的消息，惊恐万状，将后妃送到江华岛避难。阿敏部将乘胜前进，先后攻占安州、平壤，至中和乃停止前进，驻营安扎。此时仁祖也已逃往江华岛，并命使臣到后金营中投书求和。
双方经过一个多月的谈判，朝鲜迫于后金的军事压力，基本上答应了后金提出的入质纳贡、去明年号、结盟宣、约为兄弟之国等要求，惟有永绝明朝一条不同意。最后阿敏让步，向朝鲜表示“不必强要”。
三月初三，仁祖率领群臣和后金代表南木太等八大臣在江华岛焚书盟誓。虽然阿敏在盟誓上署名了，但是对朝鲜誓文不满意，便令八旗将士分兵掳掠三日，使朝鲜京畿道海边一带“尽成空壤”。随后后金撤军到平壤，奉皇太极命令不再后撤，扬言“大同江以西，不可复还”，又逼迫朝鲜签订了平壤誓约，在中江、会宁开市、索还后金逃人、追增贡物。
这次入侵，在朝鲜历史上被称为“丁卯胡乱”或者“丁卯虏乱”。
丁卯胡乱之后，后金和朝鲜的兄弟关系并不和睦。后金军一退，朝鲜马上向明朝“疏奏被兵情节”。崇祯帝在答诏中对朝鲜被迫与后金媾和的行为表示谅解，同时表彰朝鲜“君臣大义，皎然日星”。
1629年，袁崇焕诱杀桀骜不驯的毛文龙，为朝鲜除去一害，朝鲜致书袁崇焕表示感谢。而在与后金的交往中，朝鲜多次表现出厌恶、不情愿的情绪。边境开市，被朝鲜以边地残破、百姓乏食为由一再拖延，定期交纳的贡物，朝鲜也找一切机会削减其数额。
明朝将领、原来毛文龙的部下孔有德自山东叛逃后金，皇太极命朝鲜助以粮饷，朝鲜非但拒绝，而且还帮助明朝追杀。皇太极一度对明朝采取和平攻势，要朝鲜从中调停，朝鲜看出后金求和之意不诚，加以辞拒双方关系日益僵化。
1636年丙子（明崇祯九年，朝鲜仁祖十四年，后金崇德元年），皇太极正式由汗改称皇帝，改国号大清，族名满洲。他事先将此事通报朝鲜，希望朝鲜参与劝进。朝鲜闻讯大哗，积累近10年的憎恶、羞辱情绪一并迸发。朝鲜臣僚纷纷痛切陈词，“使彼虏得知我国之所秉守，不可以干纪乱常之事有所犯焉。则虽以国毙，可以有辞于天下后世也”。在一片慷慨激昂的气氛下，仁祖拒不接见后金使团，不接受其来书。后金使团愤然离开汉城，沿途百姓“观者塞路，顽童或掷瓦砾以辱之”。
1636年四月，皇太极在沈阳正式举行称帝大典，朝鲜使臣罗德宪、李廓拒不下拜。皇太极非常气愤，认为这是朝鲜国王有意构怨，决定举兵第二次远征朝鲜。
1636年十二月二日，皇太极亲自统帅十万大军亲征朝鲜。
清军渡江后，扬野战之长，舍坚城而不攻，长驱而南，仅仅十二天便抵达王京城下。京畿之内“上下惶惶，罔知所为，都城士大夫，扶老携幼，哭声载路”。仁祖再次将王妃、王子和大臣妻子送往江华岛避难，自己则率领文武百官退守南汉山城等待各路勤王军的到来，同时派出崔鸣吉等人赴清营谈判，拖延时间。
朝鲜请和书中写道“朝鲜国王谨上言于大清宽温仁圣皇帝：小邦获戾大国，自速兵祸，栖身孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯誓天之约，恤小邦生灵之命，容令小邦改图自新，则小邦之洗心从事，自今始矣。必欲穷兵，小邦理穷势极，以死自期而已”云云。
皇太极见朝鲜君臣求和之切，毫无斗志，乃对其迫降，下令清军包围南汉山城，伐木列栅，绕城驻守，山城内粮草断绝，不得不杀马充饥。朝鲜各路勤王军队也被清军击败，朝鲜君臣只有坐困孤城。
朝鲜仁祖曾经爬到南汉山城的南门，看到城下清军黑压压一片，不禁长叹。清军在望月峰上升白旗书招降二字，又致书仁祖，令其出城投降。仁祖则复书“重围未解，帝怒方盛”，所以不能出城请降，“古人有城上拜天子者，盖以礼有不可废，而兵威亦可怕也……”。皇太极见朝鲜方面还在纠缠于出城投降的细节，不耐烦地下令用火炮攻城，同时清军又攻占了江华岛，俘虏王妃、王子、宗室76人，消息传来，见大势已去，仁祖只好求和。
1637年正月三十日，仁祖率领群臣出南汉山城，徒步前往汉江东岸的三田浦清营拜见皇太极，伏地请罪。皇太极降旨赦之。双方筑坛盟誓，朝鲜去明年号，缴纳明朝所赐诰命敕印，奉清朝正朔，定时贡献，并送质子二人。此外，朝鲜朝廷中主战最坚决的洪翼汉、尹集、吴达济三人被清军索要，在沈阳被清军杀害，号称“三学士”。此役为朝鲜历史上著名的“丙子虏乱”。
清军班师途中顺势攻陷皮岛，拔除了明朝在辽东沿海的最后一颗钉子。
丙子虏乱之后，朝鲜成为了清朝的附属国。世子李溰长居沈阳，另外一质子则由凤林大君和麟坪大君轮流担任。同时朝鲜还要岁贡黄金百两、白银千两、白苎布200匹、各色绵细2000匹、各色细麻布400匹、各色细布万匹、米万包等等。
具有高度发达的儒家文明、以“小中华”自居的朝鲜，就这样沦为落后的山林狩猎民族建立起来清朝的藩属国，在当时的朝鲜是令君臣黎民都痛心疾首的事情，丙子虏乱对朝鲜社会、文化的冲击非常大。国王和两班的权威一落千丈。清朝的征索也加重了朝鲜的负担。经济掠夺、政治欺压、文化差异，使得终朝鲜之世，思明反清的情绪一直都是社会思潮的主流。
丙子虏乱之后，李朝开始了社会恢复时期。在战争中遭到破坏的汉城宫室和城防建筑得到了修复。在最主要的粮食产地，南方的全罗、庆尚、忠清三道（三南），实行了新的田税法。同时允许人们纳粮赎罪。国防方面，以海防（防日）和北防（防清）为重点，设立了总戍厅和守御厅。政治方面，以金自点为首的洛党开始得势，朝鲜又陷入无休无止的党争之中。
明朝灭亡后，李朝王室一直进行各种追思活动。仁祖不忘宫中焚香望阙之礼。时朝鲜君臣认为，
“我朝三百年来，服事大明，其情其义，固不暇言。而神宗皇帝（明神宗万历皇帝朱翊钧）再造之恩，自开辟以来，亦未闻于载籍者。宣祖大王所谓义则君臣，恩犹父子，实是真诚痛切语也”。李朝孝宗则以光复大明天下为己任，倡议北伐。他对大臣说：“群臣皆欲予勿治兵，而予固不听者，天时人事，不知何日是好机会来时。故欲养精兵十万，爱恤如子，皆为敢死之卒，然后待其有衅，出其不意，直抵关外，则中原义士豪杰，岂无响应者！”
朝鲜帮助明朝复国的计划，后来因为满清统治已经巩固，才不得以作罢。
1704年甲申，明朝灭亡六十周年，李朝肃宗自宜春门诣禁苑坛，以太牢祭祀崇祯皇帝。又命汉城府在后苑春塘台设“大报坛”，祭祀神宗皇帝。“大报”出于《礼记》郊特牲，是郊天之义，而兼有报德之意。1749年（乾隆十四年）又以明朝太祖、神宗（万历）、毅宗（崇祯）并享大报坛，并于三帝即位、忌辰日行望拜礼。
这种祭祀活动每年进行，直到李朝末年。
