建文四年（1402年）六月，燕王朱棣大军渡江直逼南京城下，谷王朱橞(huì)与曹国公李景隆开金川门迎降，京师遂破。燕兵进京，在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦了的残骸，已经不能辨认，据太监说它们是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体。
大明成祖朱棣（1360年5月2日－1424年8月12日）
朱棣登位后，将忠于建文的诸臣剥皮的剥皮，下油锅的下油锅，把他们的女眷罚到教坊司当官妓，实行残酷的“转营”，即轮流送到军营中去，一个女子每一日一夜要受二十余男子的凌辱，情况还要经常报告朱棣，有被摧残至死的，朱棣就下圣谕将尸体喂狗吃了。
开创“灭十族”先例，前无古人，后无来者。明建文帝著名文人大臣方孝孺因拒绝为发动”靖难之役”的燕王朱棣草拟即位诏书，被朱棣灭十族，共被杀873人，方孝孺被施以腰斩之刑杀害于江苏南京聚宝门外。此案还入狱、充军、流放一千多人。
朱允炆（1377年12月5日—？）
兵部尚书铁铉被逮至京，朱棣派人割掉铁铉耳鼻，在热锅中烧熟，然后硬塞入这位忠臣口中，问：“此肉甘甜否？”铁铉答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”朱棣下令寸磔铁铉，这位忠臣至死骂不绝口。朱棣又把铁铉80多岁的父母投放海南做苦役，虐杀其十来岁的两个儿子，并硬逼铁铉妻子杨氏和两个女儿入教坊司充当妓女，任由兵士蹂躏。刑部尚书暴昭，由于陛见抗骂，朱棣先去其齿，次断手足，以刀慢割脖项而死。
方孝孺(1357-1402年7月25日)
对礼部尚书陈迪，朱棣命卫士绑送他及其六个儿子一起至刑场凌迟。朱棣又先派人割下陈迪儿子陈凤山的鼻子和舌头，塞进这位忠臣嘴里逼他下咽。陈迪至死不屈，怒骂而死，他的亲属180余人廷杖后贬窜蛮荒。
对太常卿黄子澄，也灭其三族，凌迟处死。兵部尚书齐秦因其不屈，送刑场凌迟；兄弟全体处斩。户部右侍郎（相当于财政部副部长）卓敬灭三族。署左佥都御史（监察部代理部长）景清磔死（分尸），家属亲朋全数处决，故乡一连数个村庄房舍一空。
明朝疆域图
右副御史练子宁，因殿上怒骂，朱棣命人先割掉其舌，此后寸磔而死，其宗族被杀者151人，数百人贬窜蛮荒。
大理寺承（相当于最高法院秘书长）邹瑾家族448人处决。大理少卿（相当于最高法院副院长）胡闰家族217人处决。
南京明城墙
对建文帝监察御史高翔，因其丧服入见，朱棣命卫士杀之于殿上，没产诛族，又掘发高氏宗族墓地，焚骨抛尸，交杂狗骨马骨四散丢弃。对监察御史王度，宗人府经历宋征、监察御史丁志、巨敬，棣皆施以族诛之刑。
历朝历代异姓相伐相杀，从未有这样惨屠对方官吏臣下的举动。因此，清初史家谷应秦这样叹道：“嗟乎！暴秦之法，罪止三族；强汉之律，不过五宗……世谓天道好还，而人命至重，遂可灭绝至此乎！”
