永历二年（1648年），大顺军联合明军一起攻入湖南，连取胜利。又因反抗清朝蓄辫政策，全国人心浮动，而两广一些降清明将复反，一时间，永历政权名义控制的区域扩大到了云南、贵州、广东、广西、湖南、江西、四川七省，还包括北方山西、陕西、甘肃三省一部以及东南福建和浙江两省的沿海j V . / [ D R . 2岛屿，出现了南明时期第一次抗清斗争的高潮。
这一年也是永历帝大展抱负的一年，虽无实权，但他仍能用皇帝名义号令天L % E m u下，劝降原来的明将故吏，这一年应是他即位后最高兴的一年。但不久，清军就开始了反攻，而永历政权内部矛盾重重，各派政治势力互相攻讦，农民军也备受排挤打击，不能团结对敌。
永历三Z I { ^ s l ( w年到四年，清军重新占领湖6 m ( e } _南、广西；其他刚刚收复的失地也相继丢掉了。而此时的r + i y N T永历帝也陷入困境，被孙可望以武力胁h + 1 4 o迫到安龙府（今贵州? p f v % V u安龙县），在孙可望的软禁下，他过了三年多安稳但不自由的生活。
永历六年（1652年），此时的旧明军已经所剩无几了，永历帝接受张献忠部将孙可望L v @ 2 ] t、李定国联合抗清建议，以大西军为7 ; ) 4 ? k主干组成新明军抗清，连获大捷。
一时间，永历政权名义控制的区域恢复到了云南、贵州、广西三省全部，湖南、四川两省大部，广东、江西、福建、湖北四省一部，出现了南明时期第二次抗清斗争的高潮。但不久就又与清军陷入了僵持。
而此时的永历帝_ Y C 7 S Z，还在囚禁中度日，为了摆脱孙可望，他派吴贞毓向李定国求救，却因事泄，孙可望逼杀了吴贞毓在内的十七a * ] h z J 6 2位大臣。此时的永t C o历帝己无心关注国事了，每天于软禁中忐忑度日b O . )，皇帝之名带给他的却是枷锁之实，令人唏嘘不已/ 6 3 ? B ? x。
吴三桂将永历帝囚禁于篦子坡头的金禅寺内，此时的永历帝在历尽逃亡后终被俘，身心早已疲z ^ } 4惫不堪，但毕竟仍是帝王贵胄，仪表伟岸，举止端庄。
康熙元年（1662年）三月，被俘的朱由榔本来应该押赴j k * V J & =京城y L W y % N y 8 #，吴三桂认为若押解回北京，路途十分遥远，担心发生意外，建议就地处决，F # 2 K u x清廷准奏。四月，永历帝被绞缢，终年_ H ! 40岁。至此，明朝完全不复存在。
