1644年，李自成在西安建立大顺政权，不久后，从西安向东一路攻城略地来到居庸关直抵北京，北京不攻而克，崇祯自杀，明朝灭亡。李自成同时开始对吴三桂进行招抚，但感觉其已逐渐站在满清阵营后马不停蹄带领人马杀到山海关，却不料满清八旗也已经赶到，最终山海关大败，最终放弃北京和整个山西，依托陕西作战，到1645年，陕西也保不住了，只得退守湖北，但此时的清朝已经完全蜕变成了要问鼎天下的政权了，依旧对李自成的军队穷追不舍，不得已李自成只能继续南退以待反攻，决定从湖北转道江西而进入湖南，大顺军到达了三省交界的湖北通城九宫山麓地带，李自成率轻骑20余人登山探路，被当地民兵武装姜大眼杀死（也有在玄帝庙拜神后因劳累过度睡着遭到当地乡民误杀一说），尸首秘密埋葬，李自成战死后，农民军悲怒交集，立即扫荡九宫山区，对当地民众予以报复性打击。但与人印象中不太一样的是，大顺军并没有因李自成的死而彻底瓦解，而是以游击的方式在山区一直与满清抗争到康熙初年。
李自成死后，他的夫人和部下手中统领的军队仍有二十余万，而这些军队由于看到了清军实力的强劲，不得已四散奔到，最终各部在四川东部湖北西部的山区地带会合，这里是著名的三峡地带，也是地质板块活跃的地区，多山多地震，但同时更是游击隐藏的最佳地方，而这些大顺的余部和后来的南明一道组成了抗击满清的统一战线，因此这些农民军将领的名字后来基于政治上的考量基本上都该换了名称，以示与朱明王朝的和解， 犹如李自成的侄子也是手下最重要的一位将领李过，后来改名为李赤心（以示赤胆忠心），下面让我们简单来看一下大顺的残余最后的抗争。
李自成大顺军余部、联合川东地区的抗清力量、包括南明将领王光兴等人的加入、正式形成“夔东十三家”，由于清朝前期大量焚书和文字狱，以至于后来的许多史料都是从日本韩国流入，但关于 夔东十三家的记载至今仍旧找不到更为详细的记载，只能通过明史中的一些只言片语来拼凑，但可以确定的是这支顽强的军队成为了大陆上最后一支覆灭的反清力量。
1661年，郑成功有感于清朝根基稳固难以撼动，于是离开大陆退守台湾并顺便驱除了那里的荷兰人。1662年，吴三桂进入缅甸，最终永历皇帝被押解至北京，经由 昆明被缢死，南明政权彻底覆亡。张献忠大西政权的最后的力量李定国在闻讯后悲痛欲绝，二十五天后病逝于与老挝交界的西双版纳地区，大西政权彻底覆灭，而解决了最头疼的南明和大西的问题后，留给夔东十三家的时间也不多了。
1663年，在上奏围剿并得到了刚继位的康熙应允后，满清四川总督李国英统秦、豫、湖广三省兵将进剿，师驻云南奉节，在两年的对峙过后，兵尽粮绝的大顺军终于再也招架不住，首领临国公李来亨于茅麓山焚其妻子后自缢而死，至此抗争了近二十年的夔东十三家彻底覆灭，而大陆上所有的抗清实力均被消灭殆尽。
而两年后，西湖三杰（岳飞，于谦）之一的张苍水在看到大势已去后也放下了武器，解散了宁波象山县沿海小岛上的武装，后被俘最终投河自尽，但夔东十三家敬天法祖、守卫汉家天下的类似口号却一直在民间酝酿，暗流汹涌，直到后来的晚清革命党人再次提出驱除鞑虏恢复中华的口号并最终完成了百年前先人的遗愿。
