俄国原本只是莫斯科附近金帐汗国属下一个附属小国(莫斯科公国)，后来趁汗国内乱脱离了蒙古人控制。立国之后，便开始四面扩张，至明末清初，俄国的势力已延伸至西伯利亚。
17世纪中叶，俄军侵占了尼布楚和雅克萨，并在当地筑堡立寨，绑架人质，逼迫当地民众向俄国纳税。此时，康熙帝正忙于平定三藩之乱，无暇北顾，俄军又不断向黑龙江中、下游扩张。
康熙二十年(1681年)十月，清军攻破昆明，三藩之乱彻底平定。康熙二十一年(1682)春，康熙帝到盛京(今沈阳)谒陵，并视察东北边防，当年9月，他派副都统郎谈、一等公彭春等人，以捕鹿为名，到雅克萨附近侦察地形。
康熙二十二年(1683年)夏，清帝国任命副都统萨布素为黑龙江将军，并调3000军队驻守瑷珲，保护黑龙江流域，准备剿灭入侵的俄军。清军多次送信给盘踞在雅克萨的俄国侵略军，要求他们退回俄境，但俄军不仅不听劝告，反而向雅克萨增兵添将。康熙二十四年(1685年)6月，都统彭春奉命率兵进抵雅克萨。
6月23日，清军统帅部到雅克萨城下，再次试图和俄军对话，俄军反而出言不逊。第二天，清军包围雅克萨。一队俄军顺黑龙江而下，企图冲进雅克萨，被清军拦击，俄军死伤40余人。之后，清军猛烈炮轰雅克萨城，俄军伤亡惨重，魂飞魄散，城内俄军头目托尔布金只好投降。清军受降后，没有为难他们，而是准许700多俄国人经额尔古纳河归国。
托尔布金带残部退回尼布楚后，其侵略之心未死，此时，彼顿率600名援军到达尼布楚，托尔布金的贼胆又壮起来了。他打探到清军在战胜后，并未留兵驻守雅克萨，已全军撤回瑷珲，于是，立即伙同彼顿率军再次侵占雅克萨，并加紧构筑工事，筹集粮草。
康熙帝闻信，令黑龙江将军萨布素等，对这伙俄军速行扑剿，以免他们积粮坚守，图之不易。康熙二十五年(1686年)7月底，萨布素率所部2000余人围困雅克萨，勒令沙俄侵略军投降，托尔布金不理。8月，清军开始攻城，到9月底，托尔布金被击毙，俄军伤亡惨重。
在雅克萨一带受挫之后，文纽科夫和法沃罗夫带着一批俄国信使，从莫斯科昼夜奔驰，于1686年11月到达北京，向康熙帝递交沙皇的信函，请求清帝国停止攻打雅克萨，并允诺派戈洛文使团来华议定边界。
刚刚平定了三藩之乱的康熙帝，也不愿意大量用兵对外作战，同意了沙皇的请求。11月底，清军停止进攻，此时，雅克萨800多俄军只剩下66人。历时两年多的雅克萨战争至此结束。
康熙二十八年七月二十四日(1689年9月7日)，中俄两国往返交涉达16天之后，终于在一切重大问题上全面地达成协议，签订了第一个边界条约——《中俄尼布楚条约》(俄方称《涅尔琴斯克条约》)，明确规定从黑龙江支流格尔必齐河到外兴安岭直到海，岭南属于中国，岭北属于俄罗斯。西以额尔古纳河为界，南属中国，北属俄国。雅克萨地方属于中国，拆毁雅克萨城，俄人迁回俄境。
《尼布楚条约》，从法律上肯定了黑龙江流域和乌苏里江流域的广大地区都是中国领土，明确划分了中俄两国东段边界。在条约签订后，使黑龙江流域在150年间没有发生重大的边界冲突。
