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康熙二十年十月二十八日，被包围了8个月之久的昆明城被清军攻克，历时8年的“三藩之乱”终于结束。蜂拥入城的清军很快发现，吴氏政权的首领、吴三桂的孙子吴世璠已经在绝望中拔刀自杀，“皇后”郭氏也投环自缢。无奈之下，清军只好将吴三桂的首席谋士方光琛及其子侄押到军前凌迟处死。
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吴三桂家族遭到严厉惩处
当时，吴三桂已经死去3年多，清军迫近昆明时，吴世璠已经将其尸骨改葬他处，清军虽然到处挖掘，但也无法找到吴三桂的尸骨，只好随意找了个骨灰匣子，连同吴世璠的首级一起，送到北京邀功请赏；此外，从清朝初年就在昆明各地定居的吴氏大家族成员也遭到了无情屠戮，“三藩之乱”的始作俑者得到了应有惩处。
除了吴氏一门外，康熙皇帝也没有放过吴三桂以外的另外两位藩王——福建靖南王耿精忠、广东平南王尚可喜。这两位当初都曾经跟着吴三桂一起叛乱，后来在清军大兵压境的情况下，先后举起了白旗，重新拜倒在康熙皇帝的脚下。耿精忠袒身露体，率文武官员出城迎降；尚之信则马不停蹄配合清军作战，抱病出兵广西收复了武宣等战略要地。
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耿精忠两位弟弟要求对其严惩
尽管耿、尚竭力表示忠诚，但康熙皇帝仍不想留下这两个祸害。考虑到耿精忠死活不愿离开其福州老巢，如果在福州杀他，其部属说不定就会忽然生变。想来想去，康熙皇帝心生一计，命令驻军福州的康亲王杰书劝说耿精忠自请入京觐见，以免其部属生疑。康熙十九年三月，耿精忠果然上疏请求入京。康熙皇帝立即批准，并下旨委任耿氏部将马九玉为福州将军，代其统领部下。
结果耿精忠刚刚入京，其弟耿昭忠、耿聚忠就联合上疏，请求朝廷对哥哥当初的叛逆之举予以严惩。这下，康熙帝再无顾忌，马上批准这两位好弟弟的请求，下令收逮耿精忠，交给法司审讯。康熙二十一年正月，康熙帝下诏将耿精忠及其心腹死党凌迟处死，传承三世的耿氏王爷就此灰飞烟灭，但耿昭忠、耿聚忠两脉却得以善终。
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尚之信部下告发他再次反叛
就在耿精忠被骗入京的同时，尚之信的后院也失了火，其护卫张永祥、张士信等人转成赴京告御状，称其主子蓄意再次反叛。于是，清廷派出刑部侍郎宜昌阿等人，以巡视海疆为名到达广东，进行秘密调查。此时，尚之信还蒙在鼓里，仍在前方协同清军平叛，每日废寝忘食、上疏献策，忙得满头大汗。
待尚之信得胜回到广州，迎候他的刑部侍郎宜昌阿说有圣旨给他。尚之信还挺高兴，以为朝廷要嘉奖自己，马上下跪接旨。结果，诏旨一宣布，才知道是要擒拿自己审讯的!惊愕之余，毫无思想准备的尚之信被当场拿下，逮捕入狱。康熙十九年七月，康熙连将尚之信送入京城询问一番的程序都省下了，直接下旨将尚之信及其家属、部下就地解决了。至此，尚可喜老头子奋斗一辈子挣来的平南王家业，也因为其儿子的反叛而化为乌有。
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吴三桂数万旧部被发配关外
三位藩王被全部处理掉以后，康熙帝并没有就此罢手。从康熙二十年年底到次年五月间，康熙帝逐批处决了吴三桂那些已经投诚并且曾经戴罪立功的将领们；就连已经招降的数万吴三桂旧部士兵，也全部死罪绕过、活罪不免，大多都流放关外，到塞外苦寒之地服苦役，其后代子孙也永世不能读书入仕。即使到了清末，这些人的后代传了十几代，已经只能充当站丁、更夫等下贱职业。
