原子组成了自然界的万物。但是，万物之间区分很大，最大的区分就是，有些具有生命力，有些没有生命力。
也就是说，大家都是原子组成的，但是有些被组成了生命体，有些被组成了非生命体。
而只有具有生命特征的个体，才会有复杂的思维活动，才会继而演化出七情六欲，也包括了烦恼。
要注意的是，人类的这些七情六欲，都是演化出来的，这与人类的智力水平的提升有关。有证据表明，几十万年的人类先民已经对死亡有了深刻的概念。当种群中有人死去之后，同伴会用石头对死者进行掩埋。可见，很早的时候，人类就已经有了比较复杂的感情活动，否则他们不会对死者做出这样的事情。
那么，为什么人类这样的智能生物要拥有复杂的七情六欲呢？首先，人类的大脑在不断的进化，神经元的数量越来越多，这使得人类可以进行更多的复杂的思考，七情六欲就是思维的“副产品”。本质上，还是人类复杂思考的产物。
（神经元）
那么，为什么人类一定要进行复杂的思考呢？为什么动物就没有太复杂的思考和七情六欲呢？
这个就是人类与动物之间本质的区别。
人类和动物的身体构造，在生物学上没有截然分明的鸿沟，但是人类大脑足够复杂化，可以有高层次的思维活动。而越高级别的思维活动，越能让人类拥有更好的学习能力，这些能力有益于人类摆脱愚昧，建立文明，而建立了文明之后，生产力被加速推动，社会组织制度更加严密和科学化，反过来增加了人类在自然界的生存能力。
一切生命的本质动力就是为了生存。而生命是负熵为主。任何一个生命体系都会本能的，竭尽所能的对抗熵增，维系一个低熵的有秩序的系统。人类的一切特征，从本质上来说，就是为了对抗熵增。这样看，人类有了烦恼在内的七情六欲，并没有没有原因，归根到底，还是一种为了对抗熵增而自然演化的产品。
至于说原子这样的微观粒子拥有思维，那是无稽之谈。提问者并非这种意思。提问者是想问，原子没有烦恼，为什么原子可以组成有烦恼的存在，而烦恼从何而来。有些人不注意分析，所以有错误的解释。
作者：怀疑探索者
