2011年9月17日，加拿大的一个港口，坐在指挥中心的值班员正在巡视着海面的情况，突然，一艘神秘渔船出现在他的视线范围。
这个港口属于军用港口，是不允许普通渔船进入的。值班员立即向渔船发送无线电警告，让其停下来接受检查。但对方毫无不理会他的警告，仍然不紧不慢朝港口驶来。
值班员一边向上级通报，一边调高电子望远镜的倍率，以便看得更加清晰。奇怪的是，这是一艘老式的捕鱼船！帆布破烂不堪，布满青苔的船舷左侧，“美杜莎号”的字样依稀可见。更令人诧异的是，这艘渔船好像已经失去了动力，随波逐流朝向斯内普港口涌来。
美杜莎号
港口派出两艘水警快艇，把慢慢飘过来的老式渔船团团围住。值班员和水警跳上渔船，仔细搜寻。船上并没有违禁物品，但操作台上布满尘土和蛛网，发动机油箱也早已干涸，甚至油管和线路都已经锈迹斑斑，分明有好几十年没人用过了。这样一艘几乎报废的船，既无动力又无人驾驶，是怎么漂到港口来的呢？
突然，两名搜索船舱底部的水警有了惊人发现：“船上还有人！是活的！”大家一拥而上，把已陷入深度昏迷的神秘人抬上甲板，仔细观察。这是一名约莫二十来岁的年轻男性，身材中等，头部受重伤，身上有大量血迹。
随即，“美杜莎”号被拖进远离码头的一个秘密仓库。第二天，仓库门外荷枪实弹的警卫已是三步一岗，五步一哨。一艘普通的渔船怎么会引起如此防护？值班员向经验丰富的老导航员哈德森打听。已经知晓来龙去脉的哈德森拿出一本泛黄的工作日志，上面记录“美杜莎号”的一页已经被折起了一角：“1978年4月4日，晴，……”
原来在三十年前，当时的斯内普港口还是民用港。“美杜莎号”从港口出发，载着船长瑞斯和十多名船员出海捕鱼，奇怪的是，船行大约800海里的时候，无线电信号突然中断，之后“美杜莎号”就像蒸发了一样，再也没有返航，船员们更是活不见人，死不见尸。而据气象部门报告，“美杜莎号”失踪那天，整片海域天气晴朗，根本不可能有风暴。
只是，谁也没有想到，在三十多年后的今天，失踪的“美杜莎”号却鬼魅般回来了，而且船上还有一个活人！它们，是穿越时空而来吗？
在对“美杜莎号”进行全面检测的同时，加拿大联邦警察局也派出侦探罗蒙和斯蒂芬来调查这一神秘事件。罗蒙经验丰富，屡破奇案，而斯蒂芬则对加拿大近海区非常熟悉，也是曾经到过百慕大三角海域并逃过一劫的航海员，他们被要求在最短时间内查获真相。
罗蒙和斯蒂芬先后察看了秘密仓库里的鬼船“美杜莎号”，并对每个舱室仔细拍照、采样。经过电脑扫描分析和比对后，他们得出的结论是：这艘船真的就是三十三年前失踪的“美杜莎号”！
它当年为什么会突然失踪，而现在又是怎么出现的？现在，唯一能解开谜团的便是从船上解救下来的那名青年，而他至今昏迷不醒。
一个星期后，罗蒙接到消息，病人苏醒了，他兴奋地和斯蒂芬一起驱车直奔医院。
病人被秘密安置在单人病房，房间里是专门的医护人员，楼道和房间外都安排了警卫。这名自称叫托尼的男子看上去不过二十多岁，皮肤苍白，全身神经质地抽搐着，一见到罗蒙和斯蒂芬，他激动地抬起了上半身：“我要回家！你们凭什么把我关在这里？”他脸上满是愤怒神色，话语里还带有一种古怪而模糊的南方口音。
好不容易，罗蒙用香烟取得了小伙子的信任，他装作无意地问托尼：“今年是哪一年，你还记得吗？”
托尼不假思索地回答：“1978年4月，4月……我不确定昏迷了多少天了。”
大家面面相觑，这是一个既出奇然而又在人们意料之中的答案——早在托尼昏迷的时间里，他们已经反复检查过他的一堆随身物品：一张泛黄的黑白照片，上面是当年“美杜莎号”所有船员的合影，拍摄时间确实是三十多年前，而照片左边第一人，正是眼前的托尼；一张早就停止使用的老式身份证，罗蒙让人勘验后确认，身份证是真的。
接着，托尼说出了他的经历：“美杜莎号”出航不久就遇到了鳕鱼群。渔船在尽情捕捞的同时，却不知不觉驶入了百慕大三角海区。这天晚上，原本晴朗的天空突然阴沉下来，继而大雾弥漫，就在大家一愣神的工夫，船上的罗盘突然失灵，周围的灯光时明时灭，一种古怪刺耳的噪音在船舱萦绕，所有人都感到头疼恶心。托尼当时正在舱底检修阀门，这异样感觉使他眼冒金星、头痛欲裂，不久便昏了过去……等他再醒来时，就已经在这里的医院了。
托尼的话离奇得让人难以相信，仅凭几样旧物件，也无法判别托尼的真假。于是，罗蒙和手下费尽心力，找来了托尼的亲戚和邻居。他们一见托尼，都不由自主地尖叫起来，异口同声地说：他就是托尼！不论身材、相貌、声音，甚至发型都和三十多年前一模一样！
联想到百慕大三角的种种神秘传说：飞机轮船神秘失踪、不明飞行物出没、巨大海怪现身……难道，“美杜莎号”和托尼的重新出现，又是一次科学无法解释的神秘事件？
半个月过去了，调查没有丝毫进展。这天，两人再次来到静静待在仓库里的“美杜莎号”船上。这时，斯蒂芬脚下一滑，他用手电筒照去，原来是一小块绿色的海藻。在手电筒的照耀下，这块海藻竟然发出淡淡的荧光。斯蒂芬心里一动，轻轻刮下海藻，装进了透明袋。经过化验得知，它是一种叫兔耳藻的淡水藻。淡水藻是不能生活在海水里的，这说明“美杜莎”号曾驶入过淡水区。
只生长在南美赤道岛屿附近的兔耳藻、高温多雨的环境……种种迹象表明，“美杜莎号”这三十多年并没有停靠在属于寒温带的百慕大海域！那么，它在百慕大失踪后，又去了哪里呢？罗蒙把目光落在了赤道附近的各个南美岛屿，立即派人前往打探。
两周后，派去南美的人回来了，他们带回一张VCD和一张照片，照片上的人一眼就能认出是“托尼”！不同的是，照片上的“托尼”穿戴非常时尚，和现在留着三十多年前发型的形象截然不同。
原来，假托尼真名叫卡莱恩，是个失败的舞者。他一心想出名，曾借钱参加各种舞蹈比赛，但却一直郁郁不得志。穷困潦倒的他远走他乡，靠给地下歌舞厅跳舞糊口，一年前突然失踪，就再没人见过他。当罗蒙把卡莱恩录制的表演碟和相片扔在他面前时，卡莱恩知道真相已经败露，脸色惨白地交代了一切：“我是托尼的儿子。是我，害了我的父亲……”
在卡莱恩的供认下，罗蒙一行赶往南美北部一个偏僻的小岛。真正的托尼、卡莱恩的父亲，就住在这个连最详细的地图都找不到的弹丸之岛上。年近六十的托尼看上去已是饱经风霜的老人，当他知道罗蒙的身份和来意之后，长叹了一口气，缓缓说道：“我知道，你们迟早都会来的……”
托尼说出了埋藏在心底三十多年的秘密：“美杜莎号”失踪那次，是托尼第一次出海。作为一名见习水手，托尼在船上饱受欺负。他干尽所有脏活累活的同时，还要受到老水手们的各种侮辱和殴打。当渔船行进百慕大海区时，遇到了最大的鳕鱼群，水手们拉网都来不及，这时，累得浑身酸痛的托尼一不留神，竟弄断了一条拽网的缆绳，渔网和鱼统统沉入了海里。船长瑞斯大怒，把他毒打了一顿，然后关进船舱。夜里，饥渴难耐的托尼逃出船舱，准备找些吃的，不想却遇到了正在放哨的、平时最爱虐待他的那个老水手。争执中，托尼失手杀死了他！
极度的恐惧和求生的本能使托尼丧失了理智，他趁大伙睡熟，疯狂地杀死了所有人。冷静下来后，托尼害怕了，他独自开船在茫茫大海上漫无目的地航行。油用完后，渔船漂浮到了一座无名小岛，本以为必死无疑的托尼上岛隐居起来。
后来，托尼和当地的一个女子结了婚，卡莱恩就是他的儿子。三十年过去了，本来托尼打算就这样终老，可没想到，长大的卡莱恩一心想跳舞出名，却没人欣赏他的舞步。一次偶然的机会，卡莱恩无意中发现了父亲的秘密，他脑子里灵光一闪，竟想出了一个大胆的主意——假冒父亲，然后乘坐“美杜莎”号假装从三十三年前归来。这样一来，自己就成了穿梭时空的神奇人物，到时想不出名都难了！
托尼对儿子的荒唐想法十分反对，却又架不住卡莱恩的逼迫，终于向卡莱恩详细描述了他的一切隐私和家乡亲人的所有情况。为了营造诡异气氛，他让没有动力的“美杜莎号”在暖流和季风的帮助下“航行”进了斯内普港口，从而引起了“鬼船”归来的巨大轰动。只可惜人算不如天算，一块小小的兔耳藻揭开了“穿越”之谜，让父子二人的恶行同时浮出了水面。
