中亚浩罕汗国毗邻新疆。双方频繁的商业贸易给浩罕国带来了丰厚的经济利益。天下熙熙，皆为利来；天下攘攘，皆为利来。浩罕虽然名为清朝的藩属国，但随着国力的不断强盛，基于商业利益的追求和疆土扩张的欲望，其对新疆的觊觎之心日渐明显。嘉庆年间，浩罕曾一度提出要在南疆喀什噶尔设立商业税务官员，专门管理该国和新疆的贸易事务。这种无视中国主权的要求当然遭到了清廷的拒绝。古今中外，占人疆土、夺人钱财，概莫能外是武力征服。但是浩罕见识了当年乾隆收复新疆的强大兵力，正是由于担心清廷铁骑席卷自家的疆土才臣服于中国的。现在怎么敢轻举妄动？既然不好正面冲突，那就找个第三者帮忙吧。于是，在浩罕避难的和卓家族成为浩罕入侵新疆的工具。浩罕希望借助这个家族的宗教威望在新疆建立自己的傀儡政权。
“和卓”是指圣人后裔。明朝嘉靖年间，中亚有个叫马合图木·阿杂木的伊教传教士到南疆传教。他自称是伊教创始人穆圣的第20代后裔，并且有自己的家谱谱系为证。因此被新疆信众尊称为马合图木·阿杂木和卓。他传播的是伊教苏菲派系的分支“纳合西班底”教派。
他死后，他的长子和七子又各自形成了新的教派。长子这一派叫“白山派”，七子这一派叫“黑山派”。这两派虽然是同祖同族同教，但是为了争夺南疆的控制权，彼此展开了长达200多年的攻伐和厮杀，此消彼长，动静可比甘肃伊教派别之间的冲突大了去了！
平定大小和卓叛乱
乾隆年间的“大小和卓”叛乱的主人公就是白山派创始人的五世孙波罗尼都（大和卓）和霍占集（小和卓）。这两个和卓叛乱被镇压后，浩罕汗国就成了和卓后裔的避难所。据统计，其时流亡在该国的和卓后裔共有200多人。其中，最有野心的是大和卓的儿子萨木萨克。他一直梦寐以求打回新疆，恢复自己的宗教地位。
浩罕汗国非常高兴地给萨木萨克和他的儿子们赐了封号“吐热”（这个词语应该是哈萨克语，意思也是指圣人后裔），给他们发工资，发奖金，建房子，奉为上宾。不断唆使他们进犯新疆，并且提供武器装备，甚至派遣军队供其驱使。目的就是要利用和卓家族控制新疆。和卓们当然们不负所望，萨木萨克的儿子玉素甫在清朝嘉庆年间提兵进犯南疆，但很快就被清军打得屁滚尿流，逃回浩罕。但是萨木萨克的孙子张格尔要厉害一点。在嘉庆年间前后四次入疆叛乱，时间长达八年之久。第三次进犯的时候，他占领了南疆西四城，自封为“苏丹”。可惜不久又被清军打回浩罕去了。张格尔第四次进犯的时候，清军派人花重金收买了他的岳父，提前掌握了他的进军路线和进攻目标。结果张格尔中了清军埋伏，被活捉押到北京处死。由于浩罕汗国的支持，张格尔之后，在道光至咸丰年间，还先后三次较大的和卓后裔叛乱，但均以失败告终。
和卓叛乱
浩罕汗国野心不死，继续扶持和卓后裔，准备屡败屡战。这个时候，1864年8月在喀什噶尔起兵的思的克、金相印来浩罕求援，希望把张格尔的儿子布鲁素克接回南疆，发挥圣裔优势，负责处理南疆宗教事务。此举正中浩罕下怀，国王当即拍板答应，派自己的得力将军阿古柏护送布鲁素克入疆。并且安排阿古柏利用布鲁素克的宗教力量建立由浩罕操控的傀儡政权。
布鲁素克这些年郁闷得不得了，各种太爷爷辈、爷爷辈、父亲叔叔辈、堂哥堂弟辈的和卓们一个个失败得一塌糊涂，现在自己该怎么办呢？看来和卓不是那么好当的！踌躇徘徊、不知所措间，天上突然掉了个大馅饼，居然有起事割据的伊教武装力量主动来迎接自己回南疆当宗教领袖。这不是事半功倍么，再也用不着像前辈们那样赴汤蹈火，组织队伍去攻城略地了！前辈们上百年没有实现的理想，看来要在自己手中实现了。真是做梦都要笑醒！
阿古柏
阿古柏率领只有60人的队伍（也有说是6人）护送布鲁素克启程向南疆出发。一路上，布鲁素克抚胸诵经，欢歌笑语，感念主的慈悯，给了自己这样伟大的机会。阿古柏却在一边泼冷水：你这个年轻的巴郎子，一点没有生活阅历，根本不懂得人生和理想，更不懂得人世间的险恶！布鲁素克觉得话里有话，赶忙求教。阿古柏说，你现在就像一只昂首阔步的雄鸡，看起来鲜艳美丽，可是只能吃到眼前的饲料。而别人却是天空翱翔的雄鹰，随时可以抓到美味的猎物。当然，也可以抓了你当猎物。布鲁素克突然醒悟，对呀！思的克、金相印就是雄鹰，自己可不是去当公鸡么！那该怎么办？阿古柏口授机谋，如此这般，如彼那般才可以。好！一言为定！
阿古柏是浩罕狼窝里的一只恶狼。他狡诈毒辣，野心勃勃，甚至曾一度要在浩罕发动兵变取国王而代之。这次东赴新疆，他已经有了自己的打算。
阿古柏士兵操演
1865年初，他们到达喀什噶尔。思的克、金相印的想法没错，布鲁素克和卓的到来，受到了伊教上层人士和普通教众的热烈欢迎。宗教信仰和对圣裔的崇拜展现得淋漓尽致。布鲁素克很快被大家拥立为“汗”——就是喀什噶尔教*政和一的领袖，建立了“哲德沙尔汗国”。阿古柏借着这个领袖的名义，马上招兵买马，建立自己的武装力量，开始和思的克他们唱对台戏。对此，布鲁素克表示积极支持。因为他要当雄鹰，离不开阿古柏的帮助。思的克他们不明就里，还在为队伍的扩大欢呼雀跃。但是，突然有一天，他们发现伊教群众都站在了布鲁素克一边。军队的权力早已经被阿古柏牢牢把控。布鲁素克是伊教的圣裔，是理所当然的领袖。而思的克他们只不过是有钱的土财主而已，根本不懂宗教。经也不会念，拜也不会礼。更不要说引导大家和主进行心灵沟通了。人心向背，作用太大了。在和阿古柏的角逐中，思的克、金相印这两个起事的元首很快失去了军队和教众的支持，不得不亡命他乡。
阿古柏的队伍
布鲁素克很感激阿古柏帮助自己变成雄鹰，把政权军权都交给其打理，自己忙着修宫殿找美女去了。没有了后顾之忧，阿古柏开始攻城略地。到1867年，整个南疆尽入起手。南疆的其他起事队伍或溃或降，割据政权全部土崩瓦解。这期间，他觉得布鲁素克已经没有什么作用了，就一脚踢开这个“雄鹰”，送他到麦加去朝觐。然后把哲德沙尔汗国改为洪福汗国，自立为汗。
1867年11月，阿古柏侵入乌鲁木齐，清*王妥明自毁长城，没有了起事时的实力，一战即溃，求和息兵。阿古柏命其取消“清*王”称号，仍居起事后在迪化城南边修筑的王城，老老实实念经当阿訇，不许再轻举妄动。到1871年，阿古柏武装割据了除伊犁、哈密、塔城、乌苏、巴里坤之外的大部分新疆领土。
1873年，在甘肃肃州城外塔尔湾被清军击溃的陕回白彦虎残部2000多人长途跋涉，来到乌鲁木齐投靠阿古柏。队伍人虽少，可毕竟是在陕甘大地上纵横12年的劲旅，战斗力不可小觑。阿古柏热烈欢迎，极力笼络，并把自己的女儿嫁给白彦虎，结成岳父女婿联盟。从此，白部唯阿古柏马首是瞻，效命于鞍前马后。
阿古柏割据的疆域
阿古柏的雄心就是统治全疆，建立属于自己的教*政合一的伊教王国。可是还没等到阿古柏攻伐伊犁的时候，沙俄的大熊掌已经伸了过来。
清代的伊犁地区是指伊犁河流域及其周围地方，以霍尔果斯河为界，分为东、西两部。沙俄对伊犁的野心由来已久。1864年，俄国通过《勘分西北界约记》割占了中国西北边疆44万多平方公里领土，其中包括占伊犁地区面积五分之四的伊犁西部大部分地区。待到新疆各地起事队伍燃起战火的时候，俄国人觉得侵占伊犁东部的时机已经成熟。
1871年5月，俄国借口反俄的哈萨克人被伊犁起事队伍收留，以追捕敌人为由，派遣军队向伊犁进攻。伊犁的起事队伍已经分化成四股力量，矛盾重重，相互构陷，甚至刀枪相向，彼此仇杀。1864年到1867年，就有七个起事首领死于非命。但是在面对俄国人的武力入侵，大家却能团结起来枪口一致对外。而且是团结了伊犁各族群众以及清军残部，大家一起来打北极熊。兄弟阋墙，共御外侮。但可惜的是没有坚持到最后，在俄国重兵进攻下，伊犁队伍寡不敌众，选择求和投降。1872年7月，伊犁全部沦陷。
沙俄清末侵占的我国领土
对于新疆，沙俄想作为南下印度的桥梁。印度洋的不冻港口是俄国人做梦都想要的。因为老毛子的海洋港口都在天寒地冻的西伯利亚，一到冬天，轮船根本无法出行。侵占伊犁后，沙俄积极扶持阿古柏政权，并于1872年和其签订了通商条约。但是，印度是英国的殖民地，大不列颠怎么可能允许北极熊跑到温暖的印度洋洗澡游泳。因此，英国也大肆笼络阿古柏，企图利用其来牵制沙俄。英国女王甚至亲笔致信向阿古柏示好。1874年，阿古柏政权与英国也签订了通商条约。
阿古柏两面讨好，谁也不得罪，也因此获得了两个国家的大量援助，为其在新疆巩固伪政权奠定了良好的基础。
清末新疆少数民族
