1644年3月17日，李自成的大军已经包围了北京城，崇祯意识到局面已经无可挽回，自己也恐怕逃不过被杀的命运，但爱子心切的崇祯帝朱由检仍想着也许他的儿子能趁乱逃出城去，给大明多保留一些血脉。所以这一天晚上，他把自己的儿子都叫到跟前，让他们都换上平民百姓的衣服，由太监护送出外逃生。试图让其子赶紧趁乱逃出城去，到南方重建王师，再卷土重来。于是在天黑以后三个少年悄悄的溜出了紫禁城。
第二天一大早，崇祯得到消息说守城的太监叛主投降，李自成的军队已经进城了，他知道这下自己是彻底无路可逃了，就把皇后公主都叫来，挥剑砍倒了几个，自己带着一个老太监到紫禁城后面的煤山上上吊自杀了。临死之前，他还在自己的衣服上写下遗书，要求各地的官员协力辅佐外逃的太子，重新振兴大明朝。他自己虽然死了，但是太子逃出去总还有一丝复国的希望存在，这是他死前心中念念不忘的事。崇祯帝真是良苦用心啊，只是大明江山气数已尽，他有点太异想天开了。
然而出逃的太子和他的两个弟弟又到哪里去了呢？对于这个问题，时人以及后人先后提出了几种不同的说法。第一种说法，说太子三兄弟并没有逃出被李自成重重包围的北京城，外面到处都是战火，三个人没有办法，商量了一下，决定先到周皇后的父亲、也就是他们的外公周奎家里去躲一躲，等外面平静一些的时候再设法逃到南方去。但是由于外边的情况实在是太混乱。太子来不及去成国公府，便隐匿于民间，定王和永王一齐去了周皇后的父亲周奎家。三月十九日，李自成进城，命令搜寻太子与定王、永王。不料，周奎见局势不妙，胆小怕事，生怕引火上身，就于二十日清晨，将定王、永王交给了李自成。
后来皇太子也被李自成的军队搜获。由此还出现了太子与闯王李自成之间的一段对话。太子问李自成说：“为什么不杀我？”李自成说：“你没有罪，我岂能妄杀！”太子说：“既然这样，你听我一句话：第一，不可惊我祖宗陵寝；第二，速速埋葬我的父皇母后；第三，不可杀我百姓。” 据说李自成接受了他的建议，不但没有杀他们，还封了皇太子为宋王，另外两个皇子也封了爵，一并交给大将刘宗敏看管。后来，李自成得到吴三桂叛清的消息，四月十三日，亲自带兵去讨伐吴三桂也把崇祯皇帝的三个儿子都带在身边，想用他们劝说吴三桂投降。不料这一去，李自成的军队大败而逃，崇祯的三个儿子都在乱军中不见了。此后，太子、定王、永王的下落都不清楚，或说曾被吴三桂夺去，或说定王曾在城南遇害。
第二种说法是太子逃出宫后，无处可去，被一个贫苦的老太太收养。但是老太太家里太穷，只好把他送到国丈周奎的家里。当时在周奎府中的长平公主见后，两人抱头痛哭。长平公主与太子都是周皇后所生，乃是一母同胞的姐弟。由此来看，这个皇太子也许是真的。周奎举家向太子行君臣之礼，并问太子： “你一直藏在哪里？”太子回答说：“城陷之日，我单独藏匿在东厂门外。一日夜出，潜至东华门，被一个贫苦的老太太收养。
后来又将我送到崇文门外的尼姑庵中，在那里假装贫困无依的孤儿住了半个月。但是，由于周奎胆小怕事，不敢长时间的收留太子，皇太子无奈在次流落街头，后来被巡逻的清兵以“犯夜”罪逮捕，交给刑部审理，皇太子向审理的官员说自己是前明皇太子，但是刑部主事官员认为皇太子绝对不会这么名目仗胆的说自己是皇太子，就断其为假冒太子。后来，由于他一再宣称，刑部主事钱凤览就找来原司礼监太监王德化等人前来辨认，结果都说就是皇太子。于是钱凤览上书朝廷，最后，摄政王多尔衮认为皇太子如果活在世上，就是明朝遗老遗少德一面旗帜，于是决定将皇太子押于监狱，后来被处决在狱中。
还有一种说法认为皇太子成功地逃出了北京，一路上不知吃了多少苦头，终于顺利的逃到南方。后来皇太子被南明的小朝廷接到南京。行前还曾问来接他的李继周说：“迎我进京，是让我做皇帝吗？”李继周说：“此事奴婢不知。” 其实这只不过是他天真的想法罢了。南明福王朱由崧是他的叔叔，这时候已经当了监国。就等着称帝了。他听说崇祯皇帝的太子前来投奔，这还得了，如果证明这个少年真是太子，他就得归政于太子，那他就无法当皇帝了。所以皇太子到南京后，他没有直接的接见他，也没让他入宫，而是被安排在兴善寺暂住，并派两名太监去见太子，辩认真伪。
两人见了之后，说果真是皇太子，福王得知之后，大怒，接着便处死了两名太监，并杀掉了去接皇太子的李继周。后来又让原总督京营太监卢九德去辨认，卢九德鉴于前车之鉴，不敢表态，只说有些相像，却认不真。皇太子在南京的消息传出去之后，引发了弘光朝的政治危机。为此朝臣们分成两派，处于长江中游的左良玉等人以拥护皇太子的为名率军入京，江北的黄得功、刘良佐等总兵也上疏要求善视太子。
福王为了保住自己的皇位，就想方设法除掉这位真假未明的皇太子。他逼迫曾经充任太子讲官的王铎，一口咬定太子是假。并将太子下狱审讯，并结案为，说假太子真名叫王之明。后来，清军大举南下，南京不保，福王等人也逃到了太平府。南京百姓冲入监狱，救出了皇太子登上皇位。只可惜几天之后，再次落入清军的手中，被多铎处死。
第四种说法认为太子一开始确实是被李自成所获，但是在李自成军队败退北京的路上，刘宗敏受了重伤，放松了对他的看管，他就找了个机会从闯王的军中逃了出来，跟随他的还有他以前的老师李士淳。
李士淳是明朝翰林院编修，曾任太子讲官，明亡后被迫接受李自成封的官职。因为李士淳原籍在广东嘉应州，他们就一路逃回了李士淳的老家，在嘉应州阴那山出家当了和尚。他们在人迹罕至的深山里建了一座寺庙叫做“圣寿寺”，大殿就取名叫“紫极殿”，处处都显示了寺中和尚的神秘出身。据说在太子死后，庙里就开始供奉一尊“太子菩萨”的神位。这尊神位始终保留着，直到辛亥革命以后，清王朝覆灭了，人们才知道原来供奉的这尊塑像就是明朝的逃亡太子。李士淳的后人也声称他们的先祖确实在乱军之中救了太子，并把太子带回自己的家乡，两人一同出家做了和尚，就此度过了余生。
后来，清朝入住之后，还曾多次有人宣称自己是明朝的皇太子，甚至在清朝已经建立很长时间之后，还有人不断冒充是崇祯太子而起兵造反。有些人即以“朱三太子”为号召，举兵抗清，清廷大力搜捕，史称“朱三太子案”。康熙十二年冬(1674年1月)，北京有杨起隆者，诈称朱三太子，组织旗下奴仆﹑佃户，密谋起事。因事机漏泄，为清廷镇压，起隆逃走。十九年，在陕西汉中捕获自称朱三太子反清者，清廷指其假冒，在京磔死。三藩之乱时，福建蔡寅亦诈称朱三太子，拥众数万，与台湾郑经勾通反清，被清军击败于天宝山。
康熙四十年后，江苏太仓﹑浙江大岚山等处反清力量均称拥立朱三太子。四十七年正月，捕获在浙江大岚山起兵抗清的张念一，四月，清廷根据他的口供在山东汶上县捉获张姓父子，指为起义军所拥立之朱三，押解至浙审问。张供认本名朱慈焕，系崇祯帝三子，长期流落河南﹑浙江等地，先后改姓王﹑张，以课读糊口，时年已七十五岁，与江南﹑浙江等处反清力量并无关系。但清廷指其伪冒明裔，以“通贼”罪仍将朱氏父子解京处死。朱三太子一案从此才告终结。
但这些都只是历史中的一说，崇祯皇子们的归宿到底如何？至今还是一个未解之谜，成为明末清初的一大历史疑案。
