秦始皇灭六国后，建立了一个庞大的专制主义中央集权的封建国家，其标志就是确立皇帝制度。
嬴政认为，称号不改“无以称成功、传后世”。他自认功高过三皇五帝，便从中各取一个字，即“皇帝”。皇帝自称“朕”，名字要避讳，废除“子议父、臣议君”的谥法，对皇帝称号按数字为序，自封为始皇帝，后世为二世、三世，乃至万世。他还制定了一系列尊崇皇帝的规定，如避讳等，一直被后世所沿用。皇帝的命和令称为“制”和“诏”，又以和氏璧雕琢成传国玉玺，上书篆文“受命于天，既寿永昌”。
秦始皇中央设立三公九卿。三公指丞相、太尉、御史大夫。太尉管军事，丞相总揽行政，御史大夫相当于副丞相，负责监察和代皇帝接受百官奏章。三公之下是诸卿。一般说法是九卿，但实际上不止，诸卿分管具体政务。例如，廷尉管司法，奉常管礼仪，郎中令管宫廷侍卫等，不一而足。诸卿下设各个部门处理具体事务，部门长官成为令。国家大事，公卿朝议后交由皇帝乾纲独断。
地方上行郡县制。秦朝将全国分为36郡。郡县制是两级行政体制，郡下设县。郡的行政长官是郡守，掌管行政、司法、财政等权力，设郡丞辅佐。地方上的军事、治安等事物由郡尉负责。万户以上的县行政长官是县令，万户以下的行政长官为县长。县下设乡，乡下设里。地方上的官员设立到县就停止了，乡和里基本上属于自治性质。县下以十里为一亭，设亭长负责地方治安和邮驿。
秦汉时，官员没有品级，一般以俸禄的多少来区分。丞相和太尉是1万石，御史大夫5000石。丞相和太尉的官印和绶带是“金印紫绶”，御史大夫的是“银印青绶”，后世也以金紫银青等加衔，如“金紫光禄大夫”、“银青光禄大夫”等等。县令俸禄是1000石。
从中央到地方，秦始皇设立了一套审查和监察制度，对中央和地方的行政进行考核和监督。每年岁末，郡守派官员赴咸阳，向中央提交治下的户口、垦田、赋税、徭役、刑狱、盗匪等的统计记录情况。朝廷根据记录，赏罚和升降官吏。县向郡提交县级的统计记录情况。中央则派出郡监监察地方行政，郡县则向各自的下级派出官吏监察行政工作，纠举、弹劾有罪过的官吏。
为了维护秦朝的统治，秦始皇从中央到地方均设立军队。为了控制军权，秦始皇采用虎符发兵制。虎符一分为二，右半由皇帝掌握，左半在带兵将领手中，左右虎符合二为一，才能调动军队。
通过上述制度，秦始皇建立起一个自上而下的庞大的封建专制国家。从此以后，皇帝将行政、司法、军事大权集于一身。“百代皆行秦政事”，秦始皇建立的君主专制、中央集权行政制度与当时世界上最完备的官僚制度紧密结合，奠定了中国两千多年专制主义中央集权制的基本模式。
