蒙古人恃其武力的优越而入主中原，其来中国只是惊羡民物财富之殷盛，并不太注重政治上的治理。
成吉思汗西征之后国库财政空虚，有人给建议“虽得汉人亦无甚所用，不若尽杀之，使草木畅茂以为牧地”。元太祖认为其说的对，还大加褒奖。只不过在深受儒家文化影响的契丹皇室后裔耶律楚材(我们确实要感谢此人，他在阻止了很多蒙古人对中原野蛮政策实施，有力的保护了中原汉文化的延续传承)的力谏之下才没有实行。
蒙古人统一中原之后为了保持其优越地位，依种类把所统辖范围之内的人划分为四个等级，一等蒙古人，也称国人;二等，色目人，包括西域各部族也称诸国人，仅次于蒙古人;三等汉人，指黄河流域原金朝统治区域内的各个民族;四等人南人，指长江流域及以南的中国人，既原南宋王朝统治区域内的人。
这四个阶层在政治上的待遇优劣十分分明。一般汉人不能任丞相，以及左右丞诸职，终元一世只有两个汉人当过丞相，南人就更没有机会了。元顺帝时，才有南人开始进入中央，像中书省，枢密院，御史台等。虽然汉人，南人在元未也开始能进入中枢机构，但是还是得不到信任。遇到军国机密大事，汉人、南人仍不能参与。例如，丞相托克托有次到内迁给皇帝奏事，却以事关兵机，让元善及参知政事韩镛等汉人官僚回避。更有丞相伯颜竟然极端到给皇帝进言要杀尽中原张王刘李赵五姓汉，认为只要杀尽此五姓之人就能永保元代万世统治。
元代的地方长官必择蒙古人，如果蒙古人不够用则用色目人，再不够才用汉人。唐代中央实行三省六部制，元代废除尚书省、门下省，独留中书省。同时创设行中书省简称行省，既由中书省临时派往地方的机构，后来演变成地方最高行政机构，执掌地方庶务，统辖郡县，镇守边疆，与都省(腹里)互为表里。军国重事无不领之。各个行省长官必为蒙古人，地位尊贵，同僚议事要行跪拜之礼，形同小史。各道的廉访使必修择蒙古人任之，实在不够才色目世臣子孙为之，再缺的话才参以色目人和汉人。例如元文宗时，诏:御史台，各道廉访司官用蒙古人二人，畏兀儿、河西、回回、汉人、南人各一人。至元二年诏:以蒙古人充各路达鲁花赤，汉人充总管，回回人为同知，永为定制。
地方郡县长官也多为蒙古色目人，而这些人很小就继承官位，不谙世事，甚至连汉字都不识。元代诸帝也大多不太学习汉文，甚至一个行省的大小蒙古人官吏竟没有一个通文墨的人。元史崔斌传说:世祖时尚书留梦炎等奏“江淮行省无一人通文墨者”。也许有所夸大，但蒙古人官史极少有懂汉文的却是事实。
同样为少数民族入主中原，满洲就比蒙古人聪明的多，虽在衣冠服饰上残酷推行剃发易服，甚至留头不留发，留发不留头。但是历代清帝及其官员都积极学习儒家文化，以至到后来连皇帝都不太会说满语了。故而元代统治不到百年，清代统治却长达二百六十余年。
