1886年8月13日，4艘清朝军舰驶入了日本的长崎港，其中“定远舰”“镇远舰”是7000吨级的巡洋舰，军舰一律挂满旗以示友好。北洋水师军舰一靠岸，一些水兵到了当地丸山家妓院，酗酒之后与日本嫖客发生矛盾，在妓院里扭打了起来。闻讯赶来的日本警察与中国水兵发生冲突，两名中国水兵被捕，其余的逃离了现场。随后，逃走的中国水兵召集了十几名同伴，冲入警察局进行报复。图为1890年的长崎港远景。
根据北洋水师提督丁汝昌的命令，水兵登岸一律不得携带武器，但其中一名中国水兵在岸上购买了一把日本刀。在打斗过程中，这名北洋水兵将一名日本警察刺成重伤，他本人也受了轻伤并被捕，之后他被移交给大清国驻长崎的领事馆。图为作为主力战舰于1885年编入北洋水师的镇远舰。
这件事发生后，北洋水师没有整伤军纪，也没有对官兵加以约束。8月15日，北洋水师放假一天，450名水兵再次上岸观光。上岸后的北洋水兵与警察再次发生冲突，双方发生了更大规模的械斗，致死五名，重伤六，轻伤三十八，无下落五，另有一说是，中方死八名，伤四十五，日方死二人，伤二十七人。图为曾访问日本长崎的北洋水师定远舰。
事件发生后，据有关史料记载，定远、镇远、济远、威远4舰迅速进入临战状态，脱去炮衣，将炮口对准了长崎市区，北洋水师的外籍教官琅威理甚至建议立即对日宣战。图为李鸿章（1823-1901），1886年7月指派水师提督丁汝昌率“镇远”“定远”“威远”和“济远”四舰前往日本长崎三菱造船所进行检修，并对日本进行访问，借以宣扬国威。
清朝在长崎事件中最大的损失，是丢失了北洋水师的军用密码。在8月15日的长崎混战中，一个日本人名叫吴大五郎，偶然捡到了北洋水师丢失的一个小字典。这个小字典的纵横两侧，标注了0，1，2，3，4，5，6，7，8，9的数字码。敏感的日本密码专家，立即断定这是北洋水师电报用汉字译电本。他们从译电本中数字组合规律，明自了清朝人编制密码的组合方法，图为破译清公使馆密电码的日本外务省电信课长的佐藤爱麿。
日本政府破解清廷电报密码一事，作为国家最高机密，仅限于几个当事人知道，绝大多 数日本高级官员并不知情。而让日本政府庆幸的是，清朝自甲午战争开战到马关条约媾和谈 判，始终没有更换密电码，居然一直继续使用已经失密的密码本。因此，日本人一直准确地掌握清朝出兵朝鲜、兵力调动与战争赔偿等国家最高机密。图为设计破译中方密电码的日本外相陆奥宗光（1844-1897）。
