西汉末年，在王莽篡夺了汉家政权之后，天下豪杰揭竿而起，起兵讨伐。这其中南阳刘演、刘秀兄弟以匡扶汉室为名，大量收编义兵，并最终与绿林军联合作战，成为了一支不容小觑的力量。
但在刘秀兄弟起兵之初，他们身边并没有许多精兵良将，在刘演身边也只有朱祐一人而已。朱祐年少丧父，他随母亲回到外祖父刘氏家中居住，但是他经常往来于舂陵之间，所以朱祐与刘演、刘秀兄弟从小便认识，后来朱祐还在长安与刘秀一起求学，两人的交情很好。
在起兵之后，朱祐也参加了刘氏兄弟的队伍。当时刘演被更始帝刘玄任命为大司徒，于是刘演就任命了朱祐担任他的护军。此后，朱祐便一直以护军将军的身份，跟在刘演身边。在刘演被刘玄杀害后，只有朱祐一人跑去找到刘秀报信。从此之后，朱祐便一直留在刘秀身边。
更始元年，刘秀被派遣到河北行大司马事北渡黄河，负责镇慰。而朱祐也被刘秀任命为护军，刘秀对他非常信任，经常和他面对面商谈大事，同吃同住。而在当时，汉军主要的敌人是割据河北的王郎，在朱佑与王郎军队作战时表现地非常卖力，他常常冲锋陷阵，立下赫赫战功，于是刘秀就拜朱祐为偏将军，封他为安阳侯。
在刘秀平定王郎后，河北当地几十支农民军，又成为刘秀占据河北的新障碍。此时，刘秀向农民军发动了一系列的进攻，朱祐也随军参加了这些战斗。在消灭了农民军主力后，刘秀率军返回，他命令朱祐与耿弇、吴汉等十三位将军继续追击农民军残部，最终朱祐与诸将在潞东、平谷，接连重创敌军，并斩首一万三千余级，一直追到右北平郡，并将敌军残部全部消灭。
在平定河北之后，建武元年，刘秀正式登基，他拜朱祐为建义大将军。而在当时担任大将军的人，可以节制数路的将领，从刘秀的这一任命中，我们不难看出朱祐在他心中地位之重要，更能看出来刘秀对他的信任。要知道，朱祐与刘秀认识的时间是最早的，而且他也是在刘秀身边效力时间最长的大臣，因此两人的感情可想而知。
后来为了巩固洛阳的统治，消灭当地西南一带的流寇，建武二年春，刘秀命建义大将军朱祐与王常、景丹等将领一起统率大军南出箕关，他们向南进军，前去平定盘踞在洛阳西南的流寇势力，经过一年的苦战，他们最终平定了这些地方。同年秋，大将军朱祐又与其他将领击破了五校军，最终还迫降敌军五万人。
到了天下平定后，建武十三年，光武帝刘秀增加了朱祐的封邑，改封他为鬲侯，让他食邑七千三百户。建武十五年，朱祐主动上交大将军印绶，并留在京师生活。朱祐这一做法真可谓明智，他懂得明哲保身的道理，及时地交出兵权，不仅自己过得更轻松，也让皇上彻底对自己放下戒心，真可谓一举两得。
后来到了汉明帝永平年间，明帝命人绘二十八位功臣的画像于洛阳南宫的云台，这其中朱祐名列第八位。虽然说朱祐的功劳比不上冯异、吴汉等人，但是他与刘秀认识最早，又是当时刘秀身边唯一的将领，因此他的地位也能与这些名将相平，并最终得以名列云台，彪炳千秋。
