1949年8月25日福州解放后的第三天，经中央军委批准，福建军区成立。第三野战军第十兵团领导机关兼福建军区领导机关，叶飞兼任司令员，张鼎丞兼任政治委员，下辖8个军分区，分别为：建阳军分区、南平军分区、福建军分区、闽侯军分区、晋江军分区、龙溪军分区、永安军分区、龙岩军分区。与福建军区建立的同时，福州市成立了军管会，第十兵团政委韦国清担任军管会主任，负责接管福州工作。叶飞则率十兵团主力继续南下，肃清闽南漳泉地区之敌，尔后再向厦门，金门两岛进击。
福州失守后，蒋介石急忙重新调整了指挥系统，撤销了福州绥署和第六兵团建制，由汤恩伯接任福建省主席兼东南军政长官公署厦门分署主任，统一指挥刘汝明八兵团、胡琏十二兵团和李良荣的二十二兵团，并将兵力收缩防守厦门、金门、漳州和潮汕等几个大据点。蒋介石如此部署兵力，目的是希望凭借厦门海岛的有利地形和要塞原有的永久性工事来抵抗共军的进攻。同时第十兵团司令叶飞令第二十八军一个师渡过闽江，向甫推进。在闽中游击队的配合下，至9月中旬，先后解放了惠安、泉州、蒲田等广大地区，为十兵团主力南下开辟了道路。为了贯彻解放福建全省的既定决心，第十兵团部决定迅速率主力南下组织漳厦金战役。
依据闽南地理位置和地形特点，第十兵团司令部决定漳厦金战役分两个阶段进行：第一阶段歼灭以漳州为中心的厦门、金门两岛外围陆上残敌；第二阶段歼灭厦门、金门等岛上残兵。具体部署为：第三十一军及第二十九军一部执行第一阶段作战任务。第三十一军进至南安、安溪地区集结后，分往同安、长泰，直驱漳州，横扫该地及厦门以西、以南陆上各点守敌，不使其逃入岛上；第二十九军一部由泉州以南地区出发，攻击厦门以北澳头、集美等地守敌，以配合第三十一军肃清大陆残敌。
9月10日前后，第十兵团主力陆续在叶飞司令员率领下从集结地出发。为了锻炼部队适应海上作战，南下时叶飞特命令第二十八军两个师沿海南下。第一阶段作战十分顺利，歼敌2．3万余人，完全控制了厦门外围大陆沿海的阵地，形成了对厦金两岛三面包围的态势。第三十一军先头部队越过九龙江后，在南靖西北与坚持敌后斗争的闽粤赣边区纵队第八支队胜利会师，率队前来会师的是边区纵队参谋主任王汉杰。其时，边纵司令刘永生已率领一、二、七团西去江西会昌，与南下的四野大军会师。在此之前，边纵在闽西的部队已解放了武平、连城、清流、丰顺、龙岩、安溪、永清、漳平等县。会师后，边纵积极配合第十兵团解放了平和、漳浦、云霄、沼安等县城。
第十兵团在结束了第一阶段作战任务后，开始准备实施漳厦战役中更艰巨更关键的第二阶段作战：攻打厦门、金门二岛。厦门为福建南部的重要军港和商埠，靠大陆较近，海峡最窄处约1公里。由于四周多是礁石陡壁，能登陆地段不多。厦门和鼓浪屿均有一些永久性的要塞工事。在易于登陆的地段，蒋军又新修了一些土木工事，设置了一些障碍物。金门岛位于厦门岛以东10公里，北距大陆约9公里，分为大小金门两岛，在军事上向来金厦并称，相邻并列，唇齿相依，所以十兵团原计划金厦一起攻取。后因情况变化，才决定先打厦门。厦金两岛的重要性，国民党是十分清楚的。
蒋介石的确是拼凑了当时所能收罗到的一切力量投向金厦。厦门守敌为汤恩伯集团五十五军全部、一六六师及六十八军从漳州方向逃来的余部，总兵力近3万余人。具体部署是：以装备充足的七十四师3个团守厦门北半岛；以一八一师守东南面；以二十九师1个团和要塞守各总队，六十八军残部等守厦门市区；以二十九师两个团守鼓浪屿。在阵地编成上，分有前沿阵地、主抗阵地和纵深核心阵地，阵地内的工事大部分为钢筋水泥结构。前沿阵地敷设雷区、铁丝网、鹿砦、外壕，构成要塞环形防御体系。
为了给厦门守军壮胆打气，国民党军政首脑接二连三地从台湾来厦门“巡视”，还由台湾派来劳军慰问。汤恩伯、刘汝明、毛森等吹嘘厦门防御固若金汤，守三五年没有问题。对于厦门，蒋介石一向是看重的。自8月17日他一再下令死守的福州没有几天就被共军不费吹灰之力拿下以后，蒋介石就在忧虑厦门的防守问题。早在上海战役期间，蒋介石就曾对汤恩伯说过：台湾为民族复兴的基地，舟山、马祖、金门、厦门等地至为重要，必要时应增加其守备。之后，蒋介石一再督促汤恩伯加固厦门的工事，作好固守厦门的计划。
1949年9月13日，蒋介石再次致电汤思伯等：闽浙诸匪如要攻我海岛根据地，其时期必在每月潮落之时，即阴历初十与二十日之十日间，下月即为阴历八月大潮汛，我军务须特别加紧准备。海空军尤应切实负责，朝夕不断搜索匪船，凡可通海口各内河之上游100海里之内大小船舶，必须彻底肃清，空军更须低空侦察，勿使伪装之船舶所欺惑，以贻误大局。只要沿海与沿河离我前哨岛屿100海里内不使其船只躲藏与集结，则其即无法袭取我海岛；对于其舰船之伪装，尤应特别防制，千万勿忽。如果我舟山群岛与闽厦沿海各岛之基地，万一被偷袭或攻陷，则该区内陆海空军负责之各主官，必以失职误国之罪惩治，决不宽贷也。
