武侠影视作品中，常见少林寺分为“南少林”和“北少林”。即：嵩山少林寺为北少林，福建莆田少林寺为南少林。传说少林寺十三棍僧救了唐太宗李世民的性命，因此太宗皇帝特许少林寺建立南少林。在中国道教的发展历史上，全真教也曾分为南宗和北宗。与南北少林同源创建不同，全真教的南、北两宗分别由不同的祖师创建。
北全真的创教祖师是人们耳熟能详的王重阳。王重阳是文武全才，曾参加科举考试，没考上；转而参加武举，一下子便考中了。考中之后，朝廷只给王重阳当了个叫酒税的小官。王重阳郁郁不得志，又深感生命苦短，于是开始了修道生涯。经过艰苦的修炼，在有了一定成就之后，王重阳得到八仙中的钟离权、吕洞宾传授道法。后来又在终南山活死人墓修炼多年，终于建立全真教。
全真教以内丹修炼为主，轻视外丹和符箓。其教义的最大特点就是儒释道三教融合倾向。将儒家的孝道和禅宗的识心见性理论都吸收进来。在修持方法上，重视心性的修炼，主张性命双修，先性后命。
全真教经过全真七子的大力传法，很快在北中国流传开来。其影响越来越大，成为了金、南宋和蒙古争相争取的对象。丘处机审时度势，先后拒绝了金和南宋朝廷的邀请，接受了蒙古成吉思汗递来的橄榄枝。长春真人丘处机以七十多岁的高龄，用了两年多的时间，西行三万余里，在西域见到了成吉思汗。他劝成吉思汗要敬天爱民，少杀生灵而获得了蒙古的信任。成吉思汗当即命丘处机掌管天下道教事宜，并且不征收全真教任何赋税。有了上层的支持，全真教在元朝时得到了快速的发展。
全真教南宗的前身是金丹派南宗，其创建者是南宋的白玉蟾。白玉蟾也是一个牛人，七岁便能够写诗。想想我们自己，七岁还在学拼音呢。这个别人家的孩子十二岁便参加科举考试，不过同样没考上。据说没考上不是因为白玉蟾才学不行，而是他的才学太高，写的应考诗口气太大。主考官命作一首关于织布机的诗，白玉蟾应声说：“大地山河作织机，百花如锦柳如丝。虚空白处做一匹，日月双梭天外飞。”格局不高的主考一听，这小子也太狂妄了。一个小小的织机扯到了天地日月，你这么能咋不上天呢？白玉蟾就这样落榜了。
很多宗教牛人都有参加科举的经历，如前面提及的王重阳，八仙中的吕洞宾，等等。不论这些牛人在哪朝哪代参加的科考，相同的结果是都没有考上。白玉蟾也奇怪，一次没考上便再也不考，直接出家当了道士。在武功方面，他的武力值估计也不比天下第一的王重阳差多少，因为据记载，白玉蟾曾“任侠杀人”！也许正因为杀了人，白玉蟾不得不开始游学修道。在武夷山，白玉蟾得到了金丹派第四代祖师陈楠的传授，深悟内丹修炼之法。
在陈楠死后，白玉蟾披发装疯，浪迹江湖。这又和王重阳非常相似，王重阳创建全真教之前，住在活死人墓中，被人称为“王害风”。“害风”是当地的口语，意即“疯子”。大约创教祖师们都一边装疯一边思考建立宗派的事项吧。后来，白玉蟾创建了金丹派南宗。南宗以紫阳真人张伯端为本派始祖，继承了张伯端的内丹理论。主张性命双修，先命后性，并把理学的“正心诚意”和禅宗的“明心见性”学说纳入道教的修炼方法之中。
全真教和金丹派南宗在基本的宗教理念、修持方法等诸多方面都有很多相似之处。元朝的时候，全真道和正一道得到了政府的支持。其它相似的教派纷纷地融入了这两大教派，形成了中国道教北全真、南正一的格局。金丹派南宗便是在这个时期融入了全真教，被称为全真教南宗；而原先的全真教被称为全真教北宗。
全真教南、北两宗，就如同两个业务相近的公司，合并成为一个集团公司。而原先的两个公司都成了集团公司下面的子公司。当然，全真教在元朝势力很大，为扩大业务，确保员工福利，集团公司自然是打着全真教的招牌了。
这便是全真教南北宗的由来。
