在伟人感慨道”惜秦皇汉武略输文采，唐宗宋祖稍逊风骚”畅想今朝之时，我们不难发现，在这位伟人的心中，唐太宗是可以和秦始皇相比肩的一个人物。而就是这个开创了贞观之治的唐太宗，却有着一个无论如何也抹不去的污点。那就是：玄武门事变。
李世民决定击杀李建成，保命的同时，夺取皇位的时候，他事先在玄武门内部埋伏了军队，自己则率领李世民率领长孙无忌、尉迟恭、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等人入朝，只等李建成和李元吉前来。但是，里面没有秦琼。
其实玄武门之变的成功不仅仅是秦王李世民一个人做到的，他身边有很多得力干将为他争取了这场政变的胜利。这其中就不得不提到尉迟恭，在这场政变中尉迟恭的功劳不可小觑。但是让人们感到疑惑的是，明明是猛将出身的秦琼却悄悄的躲在李世民的身后，而当时的秦琼完全有实力在这场政变中拔得头功，他也深知这对于李世民的重要性，自己如果有功日后也会得到李世民的褒奖，可是秦琼却”故意”隐藏了实力。
秦琼有没有参加玄武门之变，在正史上有很大争议。《资治通鉴》没有秦琼参加玄武门之变的记载，《新旧两唐书》有秦琼参加玄武门之变的记载，但是明确记载秦琼没有参加玄武门的战斗。秦琼在玄武门之变的作用，就是在李世民稳操胜券的情况下，和长孙顺德一起去阻止十二卫府兵与秦王府兵的战斗。秦琼在玄武门之变的作用，确实不是很大。
还有一种说法，秦琼本来身体就不好，多年征战让他身体负伤很重。李世民鉴于秦琼的身体情况，出于保护的想法，没将他安排在玄武门之变最关键的地方。李渊一直十分器重秦琼，秦琼也十分对得起这份器重，收服尉迟恭，平灭窦建德，扫平宋金刚，这些在兴唐灭隋之际所发生的大战，其中都有秦琼斩将夺旗，奋勇冲杀的身影！
贞观十二年（638年），秦琼病死，被追赠为徐州都督，陪葬昭陵。李世民特意下令在秦琼墓前造石人马，用以彰显秦琼的战功。次年，秦琼改封为胡国公。贞观十七年（643年），李世民命阎立本画秦琼等二十四名功臣的画像挂入凌烟阁，以供自己怀念，后人景仰。
