尽管自执政以来，波拿巴以其辉煌的业绩深得民心，但保王党分子雅各宾派分子和嫉妒他的将军们并没有因此放弃他们推翻执政府的努力。1803年，伦敦、旺代和巴黎等地的数百名间谍呈送的材料源源不断地送到了波拿巴的手中。他的政权、他的生命仍受到暴力行动的威胁。这年的冬天，巴黎充满着不安。已失去警察总监之职的富歇派人告诉波拿巴说：“天空中布满了匕首。
保王党一直是反现政权和反波拿巴的主要敌人之一，他们一直在从事阴谋活动。1803年8月21日，在派往巴黎的两名间谍被捕入狱后，旺代保王党头目卡杜达尔亲自在下塞纳郡的比维尔登陆，来到巴黎。他想绑架波拿巴，倘若他反抗，就杀死他。阿图瓦伯爵的到来将作为这次行动的信号，但他一直没有来。
卡杜达尔还插手另一起阴谋。他通过拉若莱将军，力图把波旁王朝的朋友皮什格鲁和反对独裁的共和派英雄莫罗撮合在一起，携手反对波拿巴。莫罗原已同意与皮什格鲁会面，但在知道卡杜达尔插手此事后，便不同意参加。此外，在德雷斯顿，亚历山大的间谍昂特雷格伯爵通过“巴黎之友”——约瑟芬的一位密友详细地了解波拿巴的私生活的情况，并通过“巴黎友人”—塔列朗的一个助手了解波拿巴的政治动向，以便采取行动。
以上只是其中的一小部分而已。其实叛变活动到处都有。拉若莱的阴谋线索被梅埃·德拉图什识破。但接替富歇的大法官雷尼埃平庸无能，使侦察行动毫无结果。富歇为讨好波拿巴，也动用了他自己的情报系统为第一执政效劳，但进展也不大故到1804年年初，阴谋仍未被拆穿。但波拿巴凭着他的直觉认为这应该是采取行动的时候了。
卡杜达尔
1802年2月，两名被捕的卡杜达尔同党熬不过严刑拷打和死刑的威胁，供出卡杜达尔和皮什格鲁已在巴黎，并和几名著名的将军有接触的情况，其中包括莫罗。伟大的莫罗立即被捕了。波拿巴在逮捕莫罗前曾犹豫良久，他很敬重这位与他共享盛名的强人。但莫罗卷入了阴谋，罪证确凿；最终波拿巴在一定程度上宽恕了这位霍亨林登之役的英雄，条件是他必须退隐美国波拿巴强大的对手莫罗从法国消失了。
另外，囚犯还供出“待一位亲王到来，就立即行动”一事。梅埃德拉图什在报告中提到，当冈公爵就住在中立的巴登大公国的埃登海姆，离斯特拉斯堡不远。他还说亡命者正在奥芬堡集结。于是，波拿巴认为，这位公爵就是阴谋分子等待的那位“亲王”。3月10日，波拿巴召开了一次会议。在会上，塔列朗又故意提醒波拿巴这样一个事实：长期以来，当冈公爵一直住在莱茵边境——据说是为了可以通过望远镜窥探法国的动静。于是，波拿巴决定绑架这位接受英国津贴的孔代家族的后裔、波旁王朝的亲王，杀一儆百，以终止逃亡国外的波旁王朝成员对自己政权的干扰。
波旁王朝国王
绑架的任务交给旧贵族出身的科兰古侯爵执行，由奥德内尔将军作为他的副手，并带了300名龙骑兵。波拿巴对这次行动所需的船只和士兵的口粮都精确地计算，配备妥当，仿佛是派他们去远征曼图亚似的。科兰古等秘密地潜入了德意志领土。他们在奥芬堡未能发现亡命者的军队，但奥德内尔却在3月14日至3月15日夜间在埃登海姆逮捕了当冈公爵，他们在他的房间里没有发现任何可疑文件。
20日这位公爵被秘密带回到法国的万森城古堡。如何处置这位伟大的孔代家族硕果仅存的后裔呢？一心只关注自己前途的老狐狸塔列朗建议交给军事法庭审讯，采用最严厉的手段来处置，以此引起道义上对波拿巴的谴责，达到自己的政治目的。约瑟夫一方面怀着对伟大的孔代的尊敬，一方面从日后道义上的非难考虑，要求宽恕当冈公爵。波拿巴则怀着一种矛盾的心态。20日晚11时，当冈公爵被带到了个军事法庭，面对着12个参谋部军官（法官）和一个参政院议员（检察官）。
当冈公爵
尽管他的文件没有表明他与卡杜达尔共谋，但却有证据说明他被英国收买了，并且他盼望指挥入侵阿尔萨斯。他没有被宣判为阴谋分子，但他被宣判为接受外国津贴要入侵法国的亡命者。次日凌晨2时，当冈公爵被枪决了。卡杜达尔、皮什格鲁等一批阴谋分子也先后被捕。6月9日，20人被判处死刑。波拿巴赦免了其中的12名，其余的（包括卡杜达尔）都送上了断头台。皮什格鲁被发现勒死在他的牢房里。从技术角度来说，处死当冈公爵无可挑剔。
但是，法国人在中立国绑架了他，这又是非法的。对波拿巴来说，他有太多的失策之处。这件事使他的政权同旧势力的和解遭受了挫折。上流社会“对政府的仇恨和谩骂就像我（罗德雷）在法国革命前所看到的那样剧烈，那样肆无忌惮”，已经接受了一项外交职务的夏托勃里昂也辞职了。这件事给欧洲列强提供了一个求之不得的借口。
波拿巴
沙皇亚历山大一世和欧洲其他君主国都表示了震惊、不满和抗议。他们认为这是对欧洲十几个君主的挑战，也是对数百万相信君权神授的欧洲人民的挑战。这件事促成各种反对波拿巴的势力团结起来。所幸的是，法国人民对此没有情绪激昂，新闻界对此保持缄默，他们仍在真诚地拥护波拿巴。
