清代，“内蒙古”和“外蒙古”的概念出现在官方文书中。“内蒙古”指的是内札萨克蒙古49旗，而“外蒙古”指的是外札萨克蒙古86旗，有时也指喀尔喀蒙古。
清朝对外蒙古进行了有效的管辖。首先，它设立了库伦办事大臣。康熙三十年，编蒙古旗分佐领。三十一年，给各旗颁印信，印文满蒙两种文字，旗之上设盟。在乾隆十二年，向各盟长颁发所铸印信。不得不说，清朝显然总结了历代王朝的教训，对外蒙古的政策大体上是成功的。
所谓的墪锁刑惩罚，是把犯人锁在一个狭窄的木箱里，除了头和手的轻微活动外，身体的其余部分几乎不能动。经过长时间的关押，囚犯们会筋疲力尽，饿死和累死，这是极其残忍酷刑。当时，这种酷刑是专门为女性囚犯设计的，而且屡试不爽。
中俄在1727年签署的《恰克图界约》和《布连斯奇界约》，统称《布连斯奇条约》，确认蒙古属于清朝，但是沙俄获得了在外蒙古地区进行贸易的特权。这两项条约的签署对外蒙古产生了惊人的影响。
沙俄长期以来一直在关注外蒙古，各种势力也渗透其中。1854年，当时的东西伯利亚总督穆拉维约夫叫嚣道：“如果中国发生政变，不应该允许中国新政府把权力扩张到蒙古。如果在这种情况下，蒙古应该受到俄国的保护。”显然，沙俄想把外蒙古置于自己的保护之下。
在沙俄与清政府签订的一系列不平等条约中，许多条约都有与外蒙古有关的规定。在这些条约的保障下，沙俄在外蒙古地区非常活跃，积极鼓励外蒙古上层进行分裂和独立活动，一场外蒙古独立的历史大幕拉开了。
1911年7月，突厥亲王杭达多尔济率团访问俄国，并得到俄国的军事支持。辛亥革命后，清朝逐渐瓦解。多尔济等人认为时机已经成熟。11月30日，俄、蒙军包围了库伦办事大臣衙门，解除了清军武装，并送库伦办事大臣及随从押送出境。12月，外蒙古宣布独立，建立“大蒙古国政府。”
1912年11月3日，俄国前驻华公使廓索维茨在库伦与“哲布尊丹巴政府”签署了所谓的《俄蒙协约专条》和《俄蒙协约》。主要内容是，俄国在外蒙古享有排他性商业地位。该条约没有提到中国在蒙古的主权，这引起了中国的强烈不满，因此向蒙古出兵势在必行。
1919年11月7日，鉴于俄国内部的混乱，段祺瑞决定出兵外蒙古。派他的直系将领徐树铮带领部队进入外蒙古的库伦，扣押“内阁总理大臣”巴德玛·多尔济为人质，软禁活佛哲哲布尊丹巴，并否认《中俄声明》。在绝对权力面前，外蒙古废除了“自治独立。”
